| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1469240 | NA (NA) | 70 (0.800) | 60/290 | 0.3 | 93.3% | intergenic (‑91/‑1) | insC1/ydbA | IS2 repressor TnpA/pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 1755694 = | 5 (0.060) | intergenic (‑553/‑4) | ydhZ/pykF | uncharacterized protein/pyruvate kinase I | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAGA > NC_000913_3_pae_pgi/1755546‑1755842 | gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctagaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTg > 3:342296‑M2/149‑150 (MQ=255) acacAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGt > 3:155349/1‑150 (MQ=255) tttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATg < 2:438009‑M2/7‑1 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGa < 1:730999‑M2/8‑1 (MQ=255) acacaTTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatt > 3:130436‑M2/1‑146 (MQ=255) ttCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgccc > 3:149373‑M2/1‑141 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCaa > 3:84555‑M2/133‑150 (MQ=255) ctctGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgccccta > 2:379310‑M2/1‑138 (MQ=255) tctGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctat > 3:498782‑M2/1‑137 (MQ=255) acgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCaaaa > 4:498398‑M2/131‑150 (MQ=255) acgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtataTGTATTGAAAAAGACAaaaa > 2:66867‑M2/131‑150 (MQ=255) ctGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctata > 1:369806‑M2/1‑136 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgcctagtccaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtcatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAAt > 1:808354‑M2/130‑150 (MQ=255) cACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatattt < 1:776560‑M2/150‑18 (MQ=255) gCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttcca > 3:79530‑M2/1‑130 (MQ=255) gCTTTTTCGATGTCACCTATCCGTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAAACTGTCATGgctttgcacctatatttaca < 2:174944‑M2/150‑21 (MQ=255) cTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccag < 1:558015‑M2/150‑22 (MQ=255) ttttgCGATGTCACCTATCCATAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCCGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCACCCTTCTCAACTTAAAAACGAAGACTGGCATGgatttgcccctatatttccagg < 2:816016‑M2/150‑23 (MQ=255) 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cTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 3:427351‑M2/1‑109 (MQ=255) cTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 1:883462‑M2/150‑42 (MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCAGGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCAGCATCGGACCGAAAACAGa > 2:374791‑M2/103‑150 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATc > 3:158357‑M2/100‑150 (MQ=255) ggagcGCGGCACCACTACGTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCACCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttagcacttaacccat > 4:146333‑M2/2‑106 (MQ=255) agCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 2:624327‑M2/1‑104 (MQ=255) gAGGCACCACCACTTTCGTAGTACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaa > 1:296773‑M2/1‑101 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAag < 3:431741‑M2/56‑1 (MQ=255) gCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcc < 1:240153‑M2/150‑53 (MQ=255) gCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcc > 1:163678‑M2/1‑98 (MQ=255) accaccacTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTAATGgatttgaccctatatttccagacatctgttaacacttaacccattacaagcccg < 3:312396‑M2/150‑55 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGt < 3:270012‑M2/62‑1 (MQ=255) caccacTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct < 2:178475‑M2/150‑57 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCt > 1:577215‑M2/84‑150 (MQ=255) tttCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgca > 3:268857‑M2/1‑88 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTaa > 2:553514‑M2/82‑150 (MQ=255) ttCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcag < 1:477679‑M2/150‑64 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGaaaa > 1:569579‑M2/79‑122 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGc < 4:452899‑M2/74‑1 (MQ=255) tagactaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGc > 2:758965‑M2/77‑150 (MQ=255) 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ctcAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagccataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc > 4:383882‑M2/1‑27 (MQ=255) tcAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcacgatgccgcagatattcacgtggcgagcgctaacacagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcg < 1:400436‑M2/150‑125 (MQ=255) aaCTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa > 1:744696‑M2/1‑24 (MQ=255) cTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacg < 2:385885‑M2/150‑129 (MQ=255) cTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacg > 3:295400‑M2/1‑22 (MQ=255) ttAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgc < 2:669399‑M2/150‑130 (MQ=255) agactaagactGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcaaatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctctaacgccacc < 1:225172‑M2/150‑134 (MQ=255) gacttagactGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctg > 1:321048‑M2/1‑16 (MQ=255) gactaagactGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAgcg > 4:570351/1‑150 (MQ=255) ccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAGCACGGTCAgcgc < 2:401393‑M2/142‑1 (MQ=255) actaagactGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgc < 2:18876‑M2/150‑136 (MQ=255) cagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCa > 2:596659‑M2/8‑150 (MQ=255) taagactGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataactcagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaa > 1:149719‑M2/1‑13 (MQ=255) taagactGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaa < 3:320401‑M2/150‑138 (MQ=255) gtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTTTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCAtt > 1:641073‑M2/6‑150 (MQ=255) tctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTc < 2:359967‑M2/146‑1 (MQ=255) ctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCa < 1:67293‑M2/147‑1 (MQ=255) tatGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTATGCACCAGCGGACCGAAAACCAAATCCGAAAAGATGTTAGATAAAATGCTGTACGCTGGCATGAACGTTATGCTTCTGAGTTTCCCTCCTGGTAACTATGCAGAACACTTTCAGCTCacccag > 4:255913/3‑145 (MQ=255) taTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAg < 1:85855‑M2/148‑1 (MQ=255) aTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAGa < 2:222256‑M2/149‑1 (MQ=255) | GACACAAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAGA > NC_000913_3_pae_pgi/1755546‑1755842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |