| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1651546 | NA (NA) | 62 (0.720) | 54/286 | 0.6 | 90.0% | intergenic (+9/‑5) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1755700 | 7 (0.080) | coding (3/1413 nt) | pykF | pyruvate kinase I | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
AAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAGAATCTGCG > NC_000913_3_pae_pgi/1755551‑1755849 | tttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATg < 2:438009‑M2/7‑1 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGa < 1:730999‑M2/8‑1 (MQ=255) cacaTTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGaaaaa < 2:890476/150‑1 (MQ=255) acaTTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttg < 3:514995‑M2/150‑7 (MQ=255) ttCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgccc > 3:149373‑M2/1‑141 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCaa > 3:84555‑M2/133‑150 (MQ=255) ctctGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgccccta > 2:379310‑M2/1‑138 (MQ=255) tctGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctat > 3:498782‑M2/1‑137 (MQ=255) tctGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAATGCGCCCAGAAAGCAAGATTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctat < 1:527388‑M2/150‑14 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgcctagtccaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtcatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAAt > 1:808354‑M2/130‑150 (MQ=255) gCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttcca > 3:79530‑M2/1‑130 (MQ=255) ttttgCGATGTCACCTATCCATAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCCGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCACCCTTCTCAACTTAAAAACGAAGACTGGCATGgatttgcccctatatttccagg < 2:816016‑M2/150‑23 (MQ=255) cgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCAc > 3:339614‑M2/121‑150 (MQ=255) cGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatct > 2:276469‑M2/1‑123 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCgg > 1:665322‑M2/115‑150 (MQ=255) cggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGAc < 1:316392‑M2/38‑1 (MQ=255) ggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGAcc > 2:454423‑M2/112‑150 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGaaa > 2:67293‑M2/108‑150 (MQ=255) ccTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac > 1:449607‑M2/1‑110 (MQ=255) cTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc < 1:883462‑M2/150‑42 (MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCAGGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCAGCATCGGACCGAAAACAGa > 2:374791‑M2/103‑150 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATc > 3:158357‑M2/100‑150 (MQ=255) agCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGTCAGTGCGCCCAGAAATCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 1:371419‑M2/1‑104 (MQ=255) agCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta > 2:624327‑M2/1‑104 (MQ=255) aatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTg < 2:484893‑M2/53‑1 (MQ=255) gCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac < 1:436388‑M2/150‑48 (MQ=255) tcatcttttttccattgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcaggggggcagtataTGTCATGAAAAAGACCAAAAATTTTTTCATCATCGTACCAAAAAAAAAATCTGaa < 2:394640‑M2/55‑1 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAag < 3:431741‑M2/56‑1 (MQ=255) accaccacTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTAATGgatttgaccctatatttccagacatctgttaacacttaacccattacaagcccg < 3:312396‑M2/150‑55 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGt < 3:270012‑M2/62‑1 (MQ=255) caccacTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct < 2:178475‑M2/150‑57 (MQ=255) tttCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgca > 3:268857‑M2/1‑88 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGaaaa > 1:569579‑M2/79‑122 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGaaaa < 2:569579‑M2/44‑1 (MQ=255) tagactaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGc > 2:758965‑M2/77‑150 (MQ=255) tttagactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGAc > 2:22882‑M2/72‑150 (MQ=255) aaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGt < 4:111035‑M2/62‑1 (MQ=255) aaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGt > 3:111035‑M2/71‑132 (MQ=255) aaaactagtattaagcctatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGc > 4:473878‑M2/70‑150 (MQ=255) gATTCGCTTTCCGGCAGGGCTCCCAGAATGCAAGTTTCTGCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtgg > 1:179033‑M2/1‑75 (MQ=255) aTTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggc > 1:13731‑M2/1‑74 (MQ=255) actagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTg > 1:237602‑M2/67‑142 (MQ=255) gCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcactgaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagc < 1:175299‑M2/150‑81 (MQ=255) gCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGCTTCTCCCACCCTTCTCAACTTAAAGACTACGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgtaacaacttaacccattacaagccggcggcggcagatgtccccgtggcgagc < 2:144210‑M2/150‑81 (MQ=255) 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aaGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgag > 4:450662‑M2/1‑48 (MQ=255) aaGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgc < 3:67166‑M2/150‑107 (MQ=255) atattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCAt > 2:246614‑M2/36‑150 (MQ=255) attggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGAGCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATgg > 1:541070‑M2/34‑150 (MQ=255) tggttgtctggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTg > 4:559591‑M2/32‑150 (MQ=255) 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ggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAg > 3:401643‑M2/23‑150 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAg > 2:682352‑M2/23‑150 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCaaa > 1:561958‑M2/22‑40 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCaaa < 2:561958‑M2/19‑1 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAAACGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGCCTATGCAGa > 2:541306‑M2/22‑150 (MQ=255) ctcAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagccataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc > 4:383882‑M2/1‑27 (MQ=255) 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ctaTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCa < 1:67293‑M2/147‑1 (MQ=255) tatGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTATGCACCAGCGGACCGAAAACCAAATCCGAAAAGATGTTAGATAAAATGCTGTACGCTGGCATGAACGTTATGCTTCTGAGTTTCCCTCCTGGTAACTATGCAGAACACTTTCAGCTCacccag > 4:255913/3‑145 (MQ=255) taTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAg < 1:85855‑M2/148‑1 (MQ=255) aTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAGa < 2:222256‑M2/149‑1 (MQ=255) aTGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgc < 1:160500‑M2/150‑148 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttggt < 2:688065‑M2/150‑149 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgct < 1:667927‑M2/150‑149 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgct < 1:407032‑M2/150‑149 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctt < 2:640920‑M2/146‑145 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctt > 1:640920‑M2/1‑2 (MQ=255) tGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagaccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgct < 2:513928‑M2/150‑149 (MQ=255) tGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGc > 4:419415/1‑80 (MQ=255) tGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGc < 3:419415/80‑1 (MQ=255) ggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctg > 2:827245‑M2/1‑1 (MQ=255) ggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctg < 1:275070‑M2/150‑150 (MQ=255) | AAGCACACATTCCTCTGCACGCTTTTTCGATGTCACCTATCCTTAGAGCGAGGCACCACCACTTTCGTAATACCGGATTCGCTTTCCGGCAGTGCGCCCAGAAAGCAAGTTTCTCCCATCCTTCTCAACTTAAAGACTAAGACTGTCATGAAAAAGACCAAAATTGTTTGCACCATCGGACCGAAAACCGAATCTGAAGAGATGTTAGCTAAAATGCTGGACGCTGGCATGAACGTTATGCGTCTGAACTTCTCTCATGGTGACTATGCAGAACACGGTCAGCGCATTCAGAATCTGCG > NC_000913_3_pae_pgi/1755551‑1755849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |