New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_pae_pgi | 390532 = | 13 (0.800) | 3 (0.190) | 3/240 | 1.9 | 19.8% | pseudogene (282/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
? | NC_000913_3_pae_pgi | 390559 = | 12 (0.780) | pseudogene (309/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGATACACACTG > NC_000913_3_pae_pgi/390410‑390696 | gTAGAAGGCAACTATGTAAACTATAGAGGTTTAGTCTATAACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGACGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATTATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAg > 4:99571/1‑150 (MQ=255) aaCTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATc > 2:143981/1‑150 (MQ=255) aCTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCa < 2:20826/150‑1 (MQ=255) tatccacccagattattaccatctgcatcaaaacgatcataataaccgccaggcagcatagaagtaatcgaaccgtgaatcactgaattactgatatcaagcTGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAg < 1:55185‑M1/39‑1 (MQ=255) tatccacccagattattaccatctgcatcaaaacgatcataataaccgccaggcagcatagaagtaatcgaaccgtgaatcactgaattactgatatcaagcTGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAg > 2:55185‑M1/103‑141 (MQ=255) catcaaaacgatcataataaccgccaggcagcatagaagtaatcgaaccgtgaatcactgaattactgatatcaagcTGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTAtg > 3:79491‑M1/78‑150 (MQ=255) gATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTtattat < 4:7596/150‑1 (MQ=255) cAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGAt > 4:69048/1‑150 (MQ=255) catagaagtaatcgaaccgtgaatcactgaattactgatatcaagctgattagcagtactgtctgcataatcaGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATg > 3:79491‑M2/74‑150 (MQ=255) ggCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTtattat > 4:49217/1‑135 (MQ=255) ggCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTtattat < 3:49217/135‑1 (MQ=255) gCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt > 1:103004/1‑137 (MQ=255) gCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGAt < 2:103004/137‑1 (MQ=255) gCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTgg < 3:69048/150‑1 (MQ=255) ctgatatcaagctgattagcagtactgtctgcataatcaGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGata > 2:55185‑M2/40‑141 (MQ=255) ctgatatcaagctgattagcagtactgtctgcataatcaGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGata < 1:55185‑M2/102‑1 (MQ=255) aTGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCgg < 1:187265/150‑1 (MQ=255) TATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGgttgtt > 3:122904‑M1/1‑150 (MQ=255) tACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGATACACACTg > 3:121997/1‑150 (MQ=255) taatcaGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGa < 4:119248‑M2/129‑1 (MQ=255) taatcaGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGa > 3:119248‑M2/7‑135 (MQ=255) | GTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTTTTGTCTATTACAACAACACCAATGGTGATTTCGATCAGTCCTTTAACGGCGATACCGTTAACGGCACGATCTCAACCTATTATTTGAACCATGATTATGCAGACAGTACTGCTAATCAGCTTGATATCAGTAATTCAGTGATTCACGGTTCGATTACTTCTATGCTGCCTGGCGGTTATTATGATCGTTTTGATGCAGATGGTAATAATCTGGGTGGATATGATTTTTACACTGATGCGGTTGTTGATACACACTG > NC_000913_3_pae_pgi/390410‑390696 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |