| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3276876 = | 16 (0.990) | 6 (0.400) | 6/232 | 1.1 | 30.2% | intergenic (+23/‑126) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3276902 = | 13 (0.870) | intergenic (+49/‑100) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system | |||||
TTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGACCACTGAATCAAA > NC_000913_3_pae_pgi/3276756‑3277048 | ttATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTAtt < 3:1989/150‑1 (MQ=255)gagcgagcattagcgggcatgattcactgtccttttacagcctgttttctgctcaaattataagcttgaactaaggtaatgcaaatgcattattaatggacgtgggggctttaaacaataAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTAtt > 3:58719‑M1/121‑150 (MQ=255) ttCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGtt < 4:18066/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTg < 4:64984/137‑1 (MQ=255) gCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTg > 3:64984/1‑137 (MQ=255) aagaaAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATtaata < 1:98498/150‑1 (MQ=255) tcaaattataagcttgaactaaggtaatgcaaatgcattattaatggacgtgggggctttaaacaataAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCAtt > 1:158083‑M1/69‑120 (MQ=255) tcaaattataagcttgaactaaggtaatgcaaatgcattattaatggacgtgggggctttaaacaataAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCAtt < 2:158083‑M1/52‑1 (MQ=255) aagcttgaactaaggtaatgcaaatgcattattaatggacgtgggggctttaaacaataAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATtaa < 1:39817‑M1/54‑1 (MQ=255) aagcttgaactaaggtaatgcaaatgcattattaatggacgtgggggctttaaacaataAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATtaa > 2:39817‑M1/60‑113 (MQ=255) tttAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACa > 1:129847/1‑150 (MQ=255) cACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAAtgcatttgcatt < 2:44099/105‑1 (MQ=255) cACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAAtgcatttgcatt > 1:44099/1‑105 (MQ=255) ttaatggacgtgggggctttaaacaataaaaacatggcactaaggccatgttttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCtt > 2:39817‑M2/55‑113 (MQ=255) ttaatggacgtgggggctttaaacaataaaaacatggcactaaggccatgttttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCtt < 1:39817‑M2/59‑1 (MQ=255) aatggacgtgggggctttaaacaataaaaacatggcactaaggccatgttttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGa < 2:158083‑M2/68‑1 (MQ=255) aatggacgtgggggctttaaacaataaaaacatggcactaaggccatgttttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGa > 1:158083‑M2/53‑120 (MQ=255) ttGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAgg < 2:164910/122‑1 (MQ=255) ttGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAgg > 1:164910/1‑122 (MQ=255) ccTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGt > 2:162288/1‑127 (MQ=255) ccTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGt < 1:162288/127‑1 (MQ=255) aataaaaacatggcactaaggccatgttttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATgctcgctc > 3:58719‑M2/31‑150 (MQ=255) cAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCa > 2:19769/1‑150 (MQ=255) ggcactaaggccatgttttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTAc < 4:58719‑M2/131‑1 (MQ=255) tttTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGACCACTGAATCaaa < 2:129847‑M2/147‑1 (MQ=255) | TTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGACCACTGAATCAAA > NC_000913_3_pae_pgi/3276756‑3277048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |