New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 2700568 | 115 (1.030) | 11 (0.110) | 9/240 | 12.2 | 10.2% | noncoding (49/77 nt) | ohsC | sRNA antisense regulator of shoB toxin |
? | NC_000913_3_pae_pgi | = 2700581 | 95 (0.990) | noncoding (62/77 nt) | ohsC | sRNA antisense regulator of shoB toxin | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/2700405‑2700568 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaaaaagtaaaacccccgAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAGCAA < NC_000913_3_pae_pgi/2700581‑2700433 GGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAA < 4:90741/150‑1 GGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAA < 1:815802/150‑1 GCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAA > 4:196661/1‑150 GCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAA > 4:658960/1‑150 CGGTCACGTTAATCTTTCCTTCAATATTGCGTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGACCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAA < 4:211030/150‑1 CGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAA < 4:380864/150‑1 CGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAA < 4:380859/150‑1 CGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAA < 2:330669/150‑1 GTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGT < 1:387041/150‑1 GTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGT < 1:905500/150‑1 TCACGTTAATCTTTCTATCAATATTGCTTTCTTCTTACATGCTCGAGTTTTTATGCAAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAATGATAAGTACAAAAATACATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAACTTAAAAAGTA < 4:638181/150‑1 CACGTTAATCTTTCCAGCAATATTGATTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTATATATGAAAAAGATAGAAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGATGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAA < 2:489910/150‑1 agtaAATCTTTCCATCCATATTGCATTCTTCGTAAGGGCTCGATTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATACATAATAGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAGTTAAAGTTAAAAAGTAAtt < 2:303392/146‑3 GTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAAC > 1:258561/1‑150 TTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACC > 3:412943/1‑150 TTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATACTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTAATCCATAATCGCTGTTGTTTAGGGTGCATGCTTCACAAAAATAAAGTTAAAAAGTAAAACa > 2:956899/1‑149 AATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCC < 2:706494/150‑1 AATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCCCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAAAAAAAGTAAAAAAGTAAAACCCC < 2:205416/150‑1 ATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCC < 1:74798/150‑1 ATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAA < 2:435350/144‑1 ATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAA > 1:435350/1‑144 TCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAATCCCCCG < 3:717381/150‑1 TATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGA < 2:688108/150‑1 TTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGG < 2:619283/150‑1 CTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAGCCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTT < 2:542711/150‑1 CTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTT < 3:11867/150‑1 AAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTT < 3:189144/150‑1 CTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAA < 2:703331/150‑1 CTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGG > 1:185877/1‑123 CTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGG < 2:185877/123‑1 AAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAA > 3:53310/1‑89 AAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAA < 4:53310/89‑1 CAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACC < 1:283611/150‑1 ACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTT < 2:966829/91‑1 ACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTT > 1:966829/1‑91 TTAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAG < 2:58534/150‑1 TAAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGC > 3:242717/1‑150 AAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTAC > 2:817736/1‑103 AAAAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTAC < 1:817736/103‑1 AAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTT > 2:905455/1‑150 AAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTT > 1:605011/1‑150 AAAGTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTT > 1:823109/1‑150 GTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTAC > 2:1151429/1‑150 GTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTT > 2:672081/1‑118 GTAAAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTT < 1:672081/118‑1 AAACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAA < 3:657890/150‑1 AACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAG > 1:536567/1‑150 ACCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGA < 1:1203112/150‑1 CCCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAA > 2:483108/1‑150 CCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAA > 3:229550/1‑150 CCCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAA < 2:932493/150‑1 CCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACCAGCAACTTAAAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAG < 1:798259/150‑1 CCCGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAG > 3:504395/1‑150 CGAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAGCA < 2:492755/150‑1 GAACTGGTAAGGAACGGTGTTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCATCATGCACCCTCAACAACAGCAATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAATCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAGCAA < 4:229550/150‑1 GAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAGCAA > 3:658960/1‑150 GAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAGCAA > 2:1620/1‑150 GGCGGTCACGTTAATCTTTCCATCAATATTGCTTTCTTCGTAAAGGCTCGAGTTTTTATGCTAAAGATTGCAAGTTGCTTGTAAAAGATAAGTACACTGATCCATAATCGCTGTTGTTGAGGGTGCATGCTGCACAAAATTAAAGTTAAAAAGTAAAACCCCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/2700405‑2700568 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaaaaagtaaaacccccgAACTGGTAAGGAACGGGGGTTTTACTTTTTAACTTTAATTTTGTGCAGCATGCACCCTCAACAACAGCGATTATGGATCAGTGTACTTATCTTTTACAAGCAACTTGCAATCTTTAGCATAAAAACTCGAGCCTTTACGAAGAAAGCAA < NC_000913_3_pae_pgi/2700581‑2700433 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |