| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | 4250511 = | 894 (11.660) | 15 (0.210) | 13/272 | 5.6 | 1.8% | pseudogene (291/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 4250535 = | 819 (11.320) | pseudogene (315/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 898 total aligned reads displayed.
TAACATTCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGTTGACTTCTC‑GCAGAGTCAACTTGGTCATAGTAATTTTCGCGAATGTCAGATTAGAAATTCAAACTTCGATAATTGTTATCTTTACGCTTCGCACTTCACCAGAGCAGAGTTTCTGTCTGCCAAAGAAATATCATTTATTAAATCGA > NC_000913_3_pae_pgi/4250363‑4250659 | aaCATTCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAg < 2:83706/149‑1 (MQ=255) aaCATTCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAg < 1:508564/149‑1 (MQ=255) aCATTCGAATGAAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGt > 1:810192/1‑149 (MQ=255) cATTCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGAAAGTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGtt < 1:110879/149‑1 (MQ=255) aTTCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTATTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGTTg > 1:801411/1‑149 (MQ=255) aTTCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTATCAAAGCGGGTTGTTAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGTTg > 1:1089368/1‑149 (MQ=255) tttgAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTAGTACTGCAATAGTTGATAATGACATATTTAGATGTCGACGTTTACACAATTTGATTTTTATCAAAGCGAGTGGTGAATGTGTCGATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGTTGa < 1:1168984/146‑1 (MQ=255) ttCGAATGTAAAGAAATTGGGGATTGCAATTTTACTACTGCAATAGTTGATAATGTCATATTTAGCTGTCGACGTTTACACAATGTGATTTTTCTCTAGGCGAGTGGTGAATGTGTGCATTTCAGCAAAAATATTCTTGATACAGTTGa > 1:580612/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |