| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 4234838 | 1125 (14.680) | 26 (0.360) | 19/270 | 3.9 | 2.4% | intergenic (‑1605/‑328) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 4234843 | 1043 (14.520) | intergenic (‑1610/‑323) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1168 total aligned reads displayed.
ATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTT > NC_000913_3_pae_pgi/4234690‑4234986 | gCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGCTGCAGCTATGTACAGCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGCCGTTAt > 2:475235/1‑149 (MQ=38) gTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGt > 1:799100/1‑149 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGCCGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAACTAACCTTCATAACAATACCGACGTTATGTCTGc > 2:521661/1‑149 (MQ=38) gccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGGCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCAGAAGTTATGTCAGcct > 2:1301102/1‑147 (MQ=255) ccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTCAATAACGTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAtt > 1:902078/1‑149 (MQ=255) ccgcACCCGGCCACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACATAACGTCGGCAtt < 1:1100458/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGACGCGGTCGCCTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAtttttt > 2:852193/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACCATGCCGACGTTATGTCGGCAttttttt < 1:354509/149‑1 (MQ=255) tCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCAttttttt < 2:533691/149‑1 (MQ=255) tCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCAGATATGTAGATGGTATTCGGCAATGAATACATAGCACGATTGATTACATAAACTTAATAAAAATGTCGACGTTATATCGACCttttttt > 2:871362/1‑149 (MQ=37) ccGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTa > 1:768700/1‑149 (MQ=255) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCATGCCTACATGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCATTTAATACATAGCACGATTGATTAAACAACCTTAATAACAATGCTGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATc < 1:1001029/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATc < 2:753159/149‑1 (MQ=255) ggCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATc > 2:497987/1‑149 (MQ=255) gCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCa < 2:89233/149‑1 (MQ=255) aCCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGAt > 1:850147/1‑149 (MQ=255) aTGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCCACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAAt > 1:1049181/1‑149 (MQ=255) ccTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATccc < 1:382835/149‑1 (MQ=255) cTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGCTAAGTcccc > 2:706142/1‑149 (MQ=255) cTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGCCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATCACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAACcccc > 1:486938/1‑149 (MQ=255) tGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACATAACGTCGGCAtt < 2:669029/128‑1 (MQ=255) gATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCtt < 2:200707/149‑1 (MQ=255) gATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGACGGTATGTACATGGTATTCGGCAATTAATAAATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGGTGGCAGTTTTTTATTAGGTAAATCCCCtt > 1:155948/1‑149 (MQ=255) tggCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTg < 2:366413/147‑1 (MQ=255) gCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTc < 1:285112/149‑1 (MQ=255) cGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCt > 2:420109/1‑149 (MQ=255) cGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGGCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCt < 2:942924/149‑1 (MQ=255) cGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACAGAGCACGATTGATTAAATAAGCTTAATAACAATACCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATGAATCGCCTTTTCt > 1:33054/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAAtt < 2:1183838/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAAtt > 1:628943/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAAtt > 2:450428/1‑149 (MQ=255) cgcgTCTTATCAGGCCTACAGGGCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTaa < 1:408334/149‑1 (MQ=255) gcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAAc > 1:688902/1‑149 (MQ=255) gcgTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAAc < 2:963878/149‑1 (MQ=255) gTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCTGCATTTTTTTATCAAATAAATCACCTTGTCTCTCAGTTCACgg > 2:81911/1‑149 (MQ=255) cTTATCAGGCCTACAGGTCGAATCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGaa < 2:296217/149‑1 (MQ=255) ttATCAGGCCTAGAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGaaa < 2:686048/149‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAAt > 1:130897/1‑149 (MQ=255) aTCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGCCGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAAATATATCCCCTTGTCTGTAATTTCACGCACATc > 1:99979/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATTTGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCa > 1:1137466/1‑149 (MQ=255) aGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGCCGAACTGTCTGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATa > 1:304587/1‑149 (MQ=255) aGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGAc < 2:1217677/89‑1 (MQ=255) aGGCATACAGGTCGATGCCGATATGCACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAACAACCTTAATGACCATGCTGACGTTATGTCGGCATGTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATa < 2:1061355/149‑1 (MQ=255) ggCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATAc < 1:233779/149‑1 (MQ=255) 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aTTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:18113/1‑149 (MQ=255) aTACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCGGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATTCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATATATTTTTAATAGTTGTTTATTTc > 1:1066966/1‑149 (MQ=255) aTACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCCGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGATTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTTtttctttc > 1:513694/1‑149 (MQ=255) aTACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAAt < 2:247203/136‑1 (MQ=255) aTACATAGCAAGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc < 1:1181282/149‑1 (MQ=255) 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ATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTT > NC_000913_3_pae_pgi/4234690‑4234986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |