| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 4,158,830 | A→C | H114P (CAC→CCC) | oxyR → | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 4,158,830 | 0 | A | C | 96.7% | 216.4 / ‑2.0 | 61 | H114P (CAC→CCC) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (24/35); total (25/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGAAGTGCCGTTGTTTGAT > NC_000913_3_pae_pgi/4158685‑4158975 | gATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAg < 1:321874/150‑1 (MQ=255) ggCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCtt < 3:342528/150‑1 (MQ=255) gcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACACTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTCCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTcc > 2:545623/1‑150 (MQ=255) gTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTg < 4:44905/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTg < 1:363894/150‑1 (MQ=255) gctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGa < 3:334025/150‑1 (MQ=255) gcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAAt < 3:220200/150‑1 (MQ=255) cGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATg > 2:262429/1‑150 (MQ=255) gAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCa < 2:178653/150‑1 (MQ=255) aaaGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCAt > 2:400288/1‑150 (MQ=255) tAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcaca > 3:212702/1‑150 (MQ=255) agagATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc < 4:148898/150‑1 (MQ=255) agagATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc < 1:400288/150‑1 (MQ=255) agaTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGa > 4:111902/1‑147 (MQ=255) agaTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGa < 3:111902/147‑1 (MQ=255) tGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccacc < 1:122481/150‑1 (MQ=255) cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGt > 1:206569/1‑150 (MQ=255) gggtgagaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCa < 1:349688/146‑1 (MQ=255) cGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACt > 1:92068/1‑150 (MQ=255) tGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCg < 1:584169/150‑1 (MQ=255) tGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCg < 2:674947/150‑1 (MQ=255) cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTg > 2:80609/1‑139 (MQ=255) cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTg < 1:80609/139‑1 (MQ=255) cGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCgg > 1:302975/1‑142 (MQ=255) cGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCgg < 2:302975/142‑1 (MQ=255) cGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCg > 1:559757/1‑150 (MQ=255) gCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGa > 1:388286/1‑150 (MQ=255) aTTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa < 2:672625/81‑1 (MQ=255) aTTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa > 1:672625/1‑81 (MQ=255) ttGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTgg < 4:372564/117‑1 (MQ=255) ttGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTgg > 3:372564/1‑117 (MQ=255) ttGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGa > 2:6274/1‑150 (MQ=255) ggTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATc < 1:128876/150‑1 (MQ=255) ggTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATc < 1:128906/150‑1 (MQ=255) tttGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCt > 2:196843/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCt < 2:92068/150‑1 (MQ=255) cacaGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGc < 2:515950/77‑1 (MQ=255) cacaGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGc > 1:515950/1‑77 (MQ=255) cacaGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGt < 2:669828/150‑1 (MQ=255) caGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTg < 2:237980/101‑1 (MQ=255) caGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTg > 1:237980/1‑101 (MQ=255) tGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAaga > 3:256732/1‑150 (MQ=255) tGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAaga < 1:262429/150‑1 (MQ=255) aggACCGTACCTGGTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAaga < 4:122233/149‑1 (MQ=255) gACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAagaga < 3:176273/150‑1 (MQ=255) cGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCg < 4:279427/150‑1 (MQ=255) tACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGaa < 3:248570/150‑1 (MQ=255) tGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGcat > 1:390316/1‑150 (MQ=255) cTACCGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCCAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTCCTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACCCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGCGCGAAGcattc > 2:520062/1‑150 (MQ=255) aCCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGcattca < 2:505552/149‑1 (MQ=255) aCCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGcattca > 1:505552/1‑149 (MQ=255) cGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGa < 3:227605/139‑1 (MQ=255) cGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGa > 4:227605/1‑139 (MQ=255) cGCATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTg > 2:328618/1‑150 (MQ=255) cATATTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGaa < 1:218466/150‑1 (MQ=255) atatTATCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGAAg > 3:141246/1‑150 (MQ=255) attatCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATc > 1:116712/1‑46 (MQ=255) attatCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATc < 2:116712/46‑1 (MQ=255) tatCCCTATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGAAGTGcc < 4:212702/150‑1 (MQ=255) tATGCTGCCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGAAGTGCCgttgtt < 4:228093/150‑1 (MQ=255) ctgcCCCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGAAGTGCCGTTGTTtgat < 1:6274/150‑1 (MQ=255) | GATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTGGTGAAAGAGAGCGAAGCATTCATTGAAGTGCCGTTGTTTGAT > NC_000913_3_pae_pgi/4158685‑4158975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |