| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,907,683 | G→T | G228G (GGC→GGA) | pstB ← | phosphate ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,907,683 | 0 | G | T | 99.2% | 416.2 / NA | 117 | G228G (GGC→GGA) | pstB | phosphate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (56/60); minor base C (0/1); total (56/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TGAACTGGCCGGAAATATGTTTATTAAGATTGAGACTGTCCATAACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGA > NC_000913_3_pae_pgi/3907536‑3907823 | tGAACTGGCCGGAAATATGTTTATTAAGATTGAGACTGTCCATAACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCTcc < 2:867730/150‑1 (MQ=255)tGAACTGGCCGGAAATATGTTTATTAAGATTGAGACTGTCCATAACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCTcc < 2:250492/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCCGGAAATATGTTTATTAAGATTGAGGCTGTCCATAACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGCGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCTCCCa < 3:127154/150‑1 (MQ=255) 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2:589904/1‑42 (MQ=255) tcaatcaaTTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGaa < 1:589904/42‑1 (MQ=255) tcaatcaaTTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGcc > 2:830526/1‑150 (MQ=255) aatcaatTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGt < 4:215641/69‑1 (MQ=255) aatcaatTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGt > 3:215641/1‑69 (MQ=255) aatcaatTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGa > 1:147978/1‑150 (MQ=255) atcaatTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctct < 2:278528/114‑1 (MQ=255) atcaatTCTCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGctct > 1:278528/1‑114 (MQ=255) | TGAACTGGCCGGAAATATGTTTATTAAGATTGAGACTGTCCATAACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGA > NC_000913_3_pae_pgi/3907536‑3907823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |