| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 59,107 | 0 | T | C | 32.4% | 36.8 / 24.0 | 34 | pseudogene (56/228 nt) | yabP | pseudogene, pentapeptide repeats‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/9); new base C (8/3); total (22/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGAGGGATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAA > NC_000913_3_hsa_tpiA/58966‑59253 | aTGAGGGATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGTTg > 2:383923/1‑150 (MQ=255)aTGAGGGATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTg < 2:221793/150‑1 (MQ=255) tGAGGGATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGGGc > 2:125162/1‑150 (MQ=255) gAGGGATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCt > 1:303226/1‑150 (MQ=255) gggATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGCCGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAATCCGGACCGTGCTaa > 1:15425/1‑149 (MQ=255) aTTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTaacct < 1:223746/150‑5 (MQ=255) cTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTg > 1:254224/1‑150 (MQ=255) tAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTGcc > 1:417313/1‑150 (MQ=255) aaaCAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGCGCTAACCCGGACGGTGCTCACCTGGACGGTGCTAccgtgaa > 1:207015/1‑145 (MQ=38) aaCAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTAccgtgaac > 1:506960/1‑144 (MQ=38) aCAAGGAAAGGTAGCAAAGATATCGTCTATGAGAGGCCTGGGTGGGATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGAAGGTGCTAccgtgaacg < 2:279687/150‑8 (MQ=21) cggacggtgctaccccggacggtgctaccccggacgGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAg > 1:697481/7‑150 (MQ=255) cggacggtgctaccccggacggtgctaccccggacgGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAg > 1:442307/7‑150 (MQ=255) taccccggacggtgctaccccggacggtgcTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGAt < 1:406550/133‑1 (MQ=255) taccccggacggtgctaccccggacggtgcTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGAt > 2:406550/1‑133 (MQ=255) gacggtgctaccccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTgaagaa < 2:303226/150‑1 (MQ=255) taccccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGctac > 1:224072/1‑150 (MQ=255) ccccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGcta < 1:352982/147‑1 (MQ=255) ccccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGcta > 2:352982/1‑147 (MQ=255) cccggacggtgctaacccggacggtgctaaCCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAattattatt > 1:331527/1‑88 (MQ=255) cccggacggtgctaacccggacggtgctaaCCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAattattatt < 2:331527/88‑1 (MQ=255) cccggacggtgctaacccggacggtgctaaCCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAattattatt > 1:331517/1‑88 (MQ=255) cccggacggtgctaacccggacggtgctaaCCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAattattatt < 2:331517/88‑1 (MQ=255) cccggacggtgctaacccggacggtgctaaCCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTaa > 1:421225/1‑150 (MQ=255) tgctaacccggacggtgctaaacTGGACGGTGCTACAGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTAct > 2:616008/1‑150 (MQ=255) acccggacgggtctaatcTGTACGGTGCTACCGTGAACGGTTCTACCTACATATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCGCCCGCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGa < 1:454694/150‑1 (MQ=255) cccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGaa > 2:78848/1‑150 (MQ=255) cccggacggggctaaccTGGACGGGGCGACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGaa < 2:193786/150‑1 (MQ=255) tgctaaccTGGACGCTGCTACCGTGACCGGTGCTACCTCCTTATAAGATGAGGTAATTATTATTTATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTAAAGAAGTTGCTACTAACAACATTCTTCTGAACAAATTACt > 2:633917/1‑150 (MQ=255) taaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGAc > 1:33934/1‑150 (MQ=255) taaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGAc > 1:526030/1‑150 (MQ=255) accTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTAGATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGAcga < 2:262271/150‑3 (MQ=255) cTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGaa < 1:89975/134‑1 (MQ=255) cTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGaa > 2:89975/1‑134 (MQ=255) | ATGAGGGATTGTTACCTTGGTAAAAAAACAATGAAAGGTAGCAATGATATCCTTTATGAGAGACCTGGGTGGAATGCTAACCTGGGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAA > NC_000913_3_hsa_tpiA/58966‑59253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |