| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 608011 = | NA (NA) | 85 (1.050) | 66/246 | 0.2 | 91.6% | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase |
| ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | = 1393465 | 8 (0.100) | coding (239/1614 nt) | mppA | murein tripeptide (L‑ala‑gamma‑D‑glutamyl‑meso‑DAP) transporter subunit | |||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
ACTGGCAGAGAAGCAGGAGCTGGTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGATTTTGTCTACAGCTGGCAACGTCTGGTGGACCCAAAAACATTGTCG > NC_000913_3_hsa_tpiA/1393316‑1393613 | gagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTccc > 2:447073‑M1/138‑150 (MQ=255) ggCAGAGAAGCAGGAGCTGGTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCata < 1:1004382‑M2/150‑4 (MQ=255) agaAGCAGGAGCTGGTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATACCGCTCAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgc < 2:853136‑M2/150‑9 (MQ=255) tggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGa > 1:334879‑M1/127‑150 (MQ=255) ggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGAc > 2:197315‑M1/126‑150 (MQ=255) cattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCa > 2:360933‑M1/123‑150 (MQ=255) gAGCTGGTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaa > 4:80346‑M2/1‑134 (MQ=255) gAGCTGGTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaa > 2:827108‑M2/1‑134 (MQ=255) gtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGa < 4:48332‑M1/33‑1 (MQ=255) gtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaagtgaagaacgcgagtcatcgtcttaaccaggcaccaaggcgtcgcattcgtcagatggttcaacccttaagttagcgcgtatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTcagttga > 4:264422‑M1/118‑147 (MQ=255) tgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGaa > 3:48332‑M1/117‑150 (MQ=255) ggTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggtt < 1:514639‑M2/150‑22 (MQ=255) gTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttg < 4:192726‑M2/150‑23 (MQ=255) gTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttg < 3:113176‑M2/150‑23 (MQ=255) gcgcCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtg > 1:245841‑M2/1‑126 (MQ=255) gacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTccc > 2:2455‑M1/114‑126 (MQ=255) tccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGAc < 2:395039‑M1/44‑1 (MQ=255) ccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCa > 1:322302‑M1/106‑133 (MQ=255) cctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGCAAAAGTAATGACaa < 2:564873‑M1/46‑1 (MQ=255) ctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAAc < 2:182769‑M1/47‑1 (MQ=255) aaaGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGGAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcc > 1:840189‑M2/1‑116 (MQ=255) gCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga > 2:295351‑M2/1‑108 (MQ=255) tacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTgg < 2:715533‑M1/56‑1 (MQ=255) tacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTgg < 3:217897‑M1/56‑1 (MQ=255) gcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCt > 4:220071‑M1/87‑140 (MQ=255) gCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAGGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg < 2:473404‑M2/150‑52 (MQ=255) ttgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTg < 4:148507‑M1/68‑1 (MQ=255) gATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaatgtgccga > 2:1004382‑M2/1‑95 (MQ=255) gATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccga < 3:221893‑M2/150‑56 (MQ=255) tCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg < 1:159312‑M2/150‑58 (MQ=255) gaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTgcg > 1:395039‑M1/81‑150 (MQ=255) cccGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac < 1:954518‑M2/140‑49 (MQ=255) gCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaact > 2:120688‑M2/1‑89 (MQ=255) gCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaact < 1:120688‑M2/102‑14 (MQ=255) ccGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGTTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctca < 2:466899‑M2/150‑69 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATg < 3:336104‑M1/85‑1 (MQ=255) tcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATg > 1:669440‑M1/66‑150 (MQ=255) gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATggg > 1:715533‑M1/64‑150 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGTGATAACGCAAAATGGGc < 3:284013‑M1/88‑1 (MQ=255) tcttaacgaggcaccgaggcgtcgcagtcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGc < 2:966064‑M1/88‑1 (MQ=255) cgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATgg > 4:336104‑M1/57‑150 (MQ=255) gagaTTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcag > 1:742655‑M2/1‑68 (MQ=255) gagaTTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtgg > 3:542889‑M2/1‑68 (MQ=255) gagaTTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtgg < 4:542889‑M2/93‑26 (MQ=255) ggcaacgaggcatagcattattcagatggttaaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGTACGGCTGgcag < 4:288939‑M1/97‑2 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCacac > 3:148507‑M1/52‑150 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCg > 4:403044‑M1/50‑150 (MQ=255) ggTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctg > 1:357324‑M2/1‑60 (MQ=255) ggTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctg > 4:113176‑M2/1‑60 (MQ=255) tCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 4:596116‑M2/106‑53 (MQ=255) gcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCg > 2:537081‑M1/40‑54 (MQ=255) 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gatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGt < 1:530459‑M1/50‑1 (MQ=255) ttcaacccgtaaggtagcgcttatGGGAGATTGTCTCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTCTACCCTGCGCGACAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGATTTTGTctaga < 2:501217‑M1/126‑3 (MQ=255) gTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattcttgcccatattggtaagcccgaaga < 2:793775‑M2/150‑114 (MQ=255) gTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct > 2:679763‑M2/1‑37 (MQ=255) gTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactct < 1:679763‑M2/103‑67 (MQ=255) gTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgcc > 3:407525‑M2/1‑37 (MQ=255) 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tGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGATTTTGTCTACAGCTGGCAACGTCTGGTGGACCCAAAAACAtt < 3:601882/150‑1 (MQ=255) tCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctgg < 4:174713‑M2/95‑92 (MQ=255) tCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctgg > 3:174713‑M2/1‑4 (MQ=255) tCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataact > 2:742846‑M2/1‑4 (MQ=255) tCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGATTTTGTCTACAGCTGGCAACGTCTGGTGGACCCAAAAACATTGt > 1:1003130/1‑150 (MQ=255) cccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggc < 1:244575‑M2/95‑93 (MQ=255) cccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaatt > 1:527720‑M2/1‑3 (MQ=255) cccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaatt < 2:527720‑M2/90‑88 (MQ=255) cccGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGAtttt < 2:324359/108‑1 (MQ=255) cccGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGATTTTGTCTACAGCTGGCAACGTCtggt < 4:326040/131‑1 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccga < 3:422529‑M2/112‑111 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccga > 4:422529‑M2/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgc < 3:504160‑M2/54‑53 (MQ=255) | ACTGGCAGAGAAGCAGGAGCTGGTGCGCCACATTAAAGATGAGCCTGCGTCGCTGGATCCCGCTAAAGCCGTGGGCCTGCCAGAGATTCAGGTCATTCGCGATCTGTTTGAAGGTCTGGTGAATCAGAACGAAAAAGGGGAGATTGTCCCCGGCGTTGCGACTCAGTGGAAAAGTAATGACAACCGTATCTGGACTTTTACCCTGCGCGATAACGCAAAATGGGCGGATGGCACACCGGTAACGGCGCAAGATTTTGTCTACAGCTGGCAACGTCTGGTGGACCCAAAAACATTGTCG > NC_000913_3_hsa_tpiA/1393316‑1393613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |