| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913_3_hsa_tpiA | 4,546,943 | C→A | S622R (AGC→AGA) | fimD → | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 4,546,943 | 0 | C | A | 99.1% | 372.2 / NA | 106 | S622R (AGC→AGA) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (47/57); total (48/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGCCACG > NC_000913_3_hsa_tpiA/4546797‑4547087 | aaCTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATg > 3:130210/1‑150 (MQ=255) aCTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAGAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGt > 2:383225/1‑150 (MQ=255) tGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTGCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATGTca < 1:1057527/150‑1 (MQ=255) 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3:120245/132‑1 (MQ=255) gCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCgg < 4:41874/150‑1 (MQ=255) cGACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGGGGCGATGGAAATAGCGGa > 3:197097/1‑150 (MQ=255) gACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATGTCTCACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGaa < 3:685269/150‑1 (MQ=255) gACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGaa > 3:764834/1‑150 (MQ=255) gACATGCCAGTGCCAGCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGaa < 2:812380/150‑1 (MQ=255) gccagtgccagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACa > 3:177505/1‑150 (MQ=255) gccagtgccagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACa < 2:220188/150‑1 (MQ=255) gccagtgccagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACa > 2:1063568/1‑150 (MQ=255) ccagtgccagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAg > 3:306213/1‑150 (MQ=255) cagtgccagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAgg < 1:1063568/150‑1 (MQ=255) ccagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCgg > 3:28688/1‑106 (MQ=255) cagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGc > 1:836441/1‑150 (MQ=255) cagCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGc < 2:300974/150‑1 (MQ=255) gCTACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGCCa < 3:46291/150‑1 (MQ=255) tACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGCCACg > 4:28806/1‑150 (MQ=255) tACAGAATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGCCACg < 3:348210/150‑1 (MQ=255) | AACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACACGATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGCCACG > NC_000913_3_hsa_tpiA/4546797‑4547087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |