| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_hsa_tpiA | 482,230 | G→A | 100% | P725L (CCG→CTG) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 482,230 | 0 | G | A | 100.0% | 215.8 / ‑6.7 | 71 | P725L (CCG→CTG) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (45/24); minor base C (1/0); total (46/25) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCC > NC_000913_3_hsa_tpiA/482088‑482369 | atAGACTTTATTCAAACGAACGCGGTCGATAAAGTAGTTCACATAGCTTCAGCTGCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACACAGCGCCTGGGCTTTTTCCTGGTCGATATGAATCTTAAACTGCAGGatat > 2:217436/1‑149 (MQ=255)atAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTTCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTACTGTCGTTGCTAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGTTAt > 2:70543/1‑149 (MQ=255)atAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTAt > 1:258634/1‑149 (MQ=255)atAAACTTTCTTCACACGACCACGGTCGCTAAAGTCGTTCACCTAGCTATCGCCCCCTGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTCATAGCAACACCCAGCGCCTGCGCCTTTTACTGGTCCATCTAAATCTTAAACTGCCGGGTAt > 2:347549/1‑149 (MQ=255) aCTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTc < 1:283326/149‑1 (MQ=255) cTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAACTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTAtcctcc > 1:707047/1‑149 (MQ=255) cttcACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGAc < 2:676106/149‑1 (MQ=255) ttcACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGAcc > 1:518906/1‑149 (MQ=255) ttcACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCGACGCTTGTACCTGGGCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGAcc > 2:461802/1‑149 (MQ=255) 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tCGTTCACATAACTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGCTATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGTCGTACGCTGGTCAACat > 1:525153/1‑149 (MQ=255) gTTCACATAGCTGCCGCCCCCTGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATCCCTATCTTACACTGCAGGGTACCTTCCAGACCGTTTGAACGTACGATGGCCAACatat > 1:521684/1‑149 (MQ=255) gTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACatat > 1:798412/1‑149 (MQ=255) ttCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTAGGCTGGTCAACATATc > 1:591561/1‑149 (MQ=255) cacaTAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAg < 1:467432/149‑1 (MQ=255) cacaTAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGCCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACAGTTTGTACGTACGCTGGTCAACATATCAg > 1:783814/1‑149 (MQ=255) acaTAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGCTAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAgg < 2:363547/149‑1 (MQ=255) caTAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAggg < 1:641461/149‑1 (MQ=255) aTAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGt > 1:816889/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCt < 1:766332/149‑1 (MQ=255) 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ccATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTg > 2:114959/1‑121 (MQ=255) ccATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTg < 1:114477/121‑1 (MQ=255) ccATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCtt > 2:682732/1‑149 (MQ=255) cccAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTgcaagcaa < 1:285513/149‑1 (MQ=255) cccAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTgcaagcaa > 1:58758/1‑149 (MQ=255) ccAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAGGCAAc > 1:83648/1‑149 (MQ=255) agagTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACCTATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCACCTg > 1:518092/1‑149 (MQ=255) agagTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTg < 1:310728/149‑1 (MQ=255) tgtTAATGTCGTTGATAGAAACACCAAGCGCCTGCGCCTATTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTAcgc > 1:752079/1‑149 (MQ=255) ttAATGTCGTTAATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACgcgc > 1:513414/1‑149 (MQ=255) gTTGGTAGAAACAACCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCa < 2:599486/149‑1 (MQ=255) tAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTAGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTCCGCTGGTCAACATCTCAGGGTGCTTCACGGCTTCTGCAAGCAGCGGATTTCGCGCCGGAGCCAGttct > 2:154111/1‑147 (MQ=255) gagcacCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTGGATATCAATCTTAAACGGCAGAGTATCTTCCAGACCGTGCTGACGCGCGCCGGTCACCATATAAGGGTGCTTCGCGGGTGCTGCACGCAACGGGTAACGGGCCTGAAACAgttgttta > 2:72034/4‑147 (MQ=255) aaaCACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCg > 1:731336/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCACCTGGTTACGCGCCTGCGTCCGTTTTTCGTGACCaa > 2:537076/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTGCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGCCCaa > 1:24379/1‑149 (MQ=255) cgcCTGCGTTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGGCCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGc < 1:357524/149‑1 (MQ=255) tGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGc > 2:830437/1‑149 (MQ=255) tGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGc < 2:790232/149‑1 (MQ=255) gcTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATTTTCCAGACCGGTCGGACATACGCTTGTTGACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTAAGTCAGTTTTTCGTGCCCAAGACCAAcccg > 2:810084/1‑147 (MQ=255) gcTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTTGAGGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTATGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTg > 1:794830/1‑149 (MQ=255) gcTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTg < 1:830437/149‑1 (MQ=255) cTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAATCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTgg > 1:232380/1‑149 (MQ=255) tttttCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATCTCAGGGTACTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGCCCCAGGCCAGCCTAGt > 2:92305/1‑149 (MQ=255) tttttCCTGGTCGATAGCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGt < 2:453914/149‑1 (MQ=255) ttgttCGTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCGTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACACATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGt < 2:541583/146‑1 (MQ=255) gtttCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACTTATCAGGGTGCTTCACTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGCCCAGCTTGTTc > 2:145237/2‑149 (MQ=255) tgccTGGTAGATATCAATTTTAAACTGCAGGGTTTCTTCCACACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCaa < 2:525153/147‑1 (MQ=255) tGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAAGATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACTCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGCCCACGGCCCGCCTGGTCCATccg > 2:679907/1‑147 (MQ=255) tGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGt < 1:789140/113‑1 (MQ=255) tGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGt > 2:789140/1‑113 (MQ=255) tGGTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGGGCTGCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGCCAGTGTTTCGTGACCAAGCCCAGCCGGGTCAATCaa > 1:381942/1‑148 (MQ=255) gTCGATATCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGCCCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCt > 1:371063/1‑149 (MQ=255) atatCAATCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTAAGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGGCCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaa > 2:672156/1‑149 (MQ=255) atatCAATACTTAACTGCTGAGGATTGTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATAGCAGGCTGCTTCGCTGCTGCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaa < 2:28600/149‑1 (MQ=255) aaTCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGCCGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCACGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaagtcaa > 1:719931/1‑149 (MQ=255) aaTCTTAAACTGCAGGGTATCATCCAGACCGTTTGGACGTAAGCTGGTCAACATATCAGGAAGCTTCGCTGCTTGTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGCGTGAATTATTCGTTACCAAGACCAACCTGGTCAATCAGCacaacgtcaa > 2:678473/1‑149 (MQ=255) aTCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACCTATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTAAGAGGTCGGTGCTGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaagtcaaa > 1:158008/1‑149 (MQ=255) aTCTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCtcaaagtcaaa < 1:176399/149‑1 (MQ=255) cTTAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGc < 1:764847/149‑1 (MQ=255) ttAAACTGCAGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGcc > 2:503528/1‑149 (MQ=255) | ATAAACTTTCTTCACACGACCGCGGTCGATAAAGTCGTTCACATAGCTGCCGCCCCATGCAGCGCCCAGAGTGGTGTTAATGTCGTTGATAGAAACACCCAGCGCCTGCGCTTTTTCCTGGTCGATATCAATCTTAAACTGCGGGGTATCTTCCAGACCGTTTGGACGTACGCTGGTCAACATATCAGGGTGCTTCGCTGCTTCTGCAAGCAACTGGTTACGCGCCTGAGTCAGTTTTTCGTGACCAAGGCCAGCCTGGTCAATCAGCTCAAAGTCAAAGCC > NC_000913_3_hsa_tpiA/482088‑482369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |