| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | = 1299498 | 0 (0.000) | 32 (0.850) | 31/280 | 0.3 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCC > NC_000913_3_hsa_tpiA/1299358‑1299644 | aTTGCAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATAA‑ATCCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataat < 2:617923‑M1/149‑9 (MQ=255)aTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataat > 2:34462‑M1/1‑141 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCCCATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGCATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCCCTGCCTTCGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:311931‑M1/1‑127 (MQ=255) aGGATTTCCTGAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCATATCATAATCTTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt < 2:477496‑M1/149‑25 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATCTTAACCACATCGTAGTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcacta > 1:499618‑M1/1‑112 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg < 2:196953‑M1/149‑41 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg > 2:100475‑M1/1‑109 (MQ=255) ttCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:245696‑M1/134‑27 (MQ=255) ttCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt > 2:245696‑M1/1‑108 (MQ=255) catcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCAACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcacttgttaaactgttgtgaatttcactcctgacactgtagta > 1:105440‑M1/1‑98 (MQ=255) gTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaa > 1:187739‑M1/1‑92 (MQ=255) tATTTTCGCCACATCATAATCCTGGTCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaaga < 1:662154‑M1/149‑60 (MQ=255) tATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaactattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaaga < 1:564860‑M1/149‑60 (MQ=255) 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aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgca > 1:61814‑M1/1‑27 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattc < 2:290771‑M1/149‑135 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataacaatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactggaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaatttaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctga < 1:143203‑M1/149‑138 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtca > 2:402928‑M1/1‑4 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaa > 1:289206‑M1/1‑3 (MQ=255) | ATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA‑ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCC > NC_000913_3_hsa_tpiA/1299358‑1299644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |