| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 2996363 = | NA (NA) | 192 (0.930) | 126/254 | 0.3 | 85.9% | intergenic (‑3/+9) | ygeO/insD1 | pseudogene, orgA family, part of T3SS PAI ETT2 remnant/IS2 transposase TnpB |
| ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 3291495 = | 32 (0.150) | coding (155/1092 nt) | yraK | putative fimbrial‑like adhesin protein | |||||
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
AGAGCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAAT > NC_000913_3_hsa_tpiA/3291347‑3291643 | agcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCa < 1:2322504‑M2/2‑1 (MQ=255) gcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAg < 2:165879‑M2/3‑1 (MQ=255) gcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAg < 2:1384380‑M2/3‑1 (MQ=255) gagCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAg > 3:1226314/1‑150 (MQ=255) ttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGtt < 3:246753‑M2/13‑1 (MQ=255) gttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCa > 2:515864‑M2/128‑150 (MQ=255) ttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcc < 4:1357012‑M2/1‑1 (MQ=255) tttGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaat > 2:564732‑M2/1‑132 (MQ=255) ttgttgATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatc < 2:2230607‑M2/150‑20 (MQ=255) tataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCa < 1:2148155‑M2/2‑1 (MQ=255) ataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAg < 2:1155946‑M2/34‑1 (MQ=255) caTCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaa > 1:1001700‑M2/1‑118 (MQ=255) ccTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatat > 1:321503‑M2/1‑115 (MQ=255) tGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTgg > 2:853237/1‑150 (MQ=255) tagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAg > 1:1885262‑M2/98‑100 (MQ=255) agtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCt > 1:2111210‑M2/97‑150 (MQ=255) gtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTg > 3:746594‑M2/96‑150 (MQ=255) cctcAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGtt > 3:51777/1‑150 (MQ=255) gctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTcc > 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ccGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagttt < 4:1111154‑M2/150‑69 (MQ=255) cacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGc > 1:572065‑M2/75‑150 (MQ=255) acgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCa > 1:993196‑M2/74‑150 (MQ=255) aCAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaataccacttaaataagtgatagtcttaatactagttttta > 2:1788707‑M2/1‑79 (MQ=255) gggcatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCt < 3:1262679‑M2/60‑1 (MQ=255) gggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCt > 4:1262679‑M2/72‑131 (MQ=255) gCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTa > 4:396806/1‑150 (MQ=255) atatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTaaa < 1:170423‑M2/83‑1 (MQ=255) tatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAAc < 2:1475615‑M2/84‑1 (MQ=255) atctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACt < 3:606341‑M2/85‑1 (MQ=255) tctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACtt < 3:1345561‑M2/86‑1 (MQ=255) gCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACg < 1:789388/70‑1 (MQ=255) gCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACg > 2:789388/1‑70 (MQ=255) gCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggcccc < 1:492376‑M2/82‑13 (MQ=255) cGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGt < 3:396806/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGt < 4:486345/150‑1 (MQ=255) gcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCa < 2:980829‑M2/2‑1 (MQ=255) 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cGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGAc > 3:146261/1‑58 (MQ=255) cGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGa > 3:661465/1‑62 (MQ=255) cGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGa < 2:110767/62‑1 (MQ=255) agcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCg < 3:1399057‑M2/68‑1 (MQ=255) aCAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaa < 1:1189797‑M2/150‑89 (MQ=255) cAAATTAGAGCAGGGTGGTTGATGATGTTACGGTGAAAAAGATAGATAACGTGAGAGGAGGtagactggggccctgaatctacagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtattaatactagtttttagagtagtaattggagaac < 2:1962245‑M2/150‑90 (MQ=255) cAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaac < 2:962677‑M2/150‑90 (MQ=255) 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4:1504894/1‑53 (MQ=255) cagacagaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccgga > 1:1278416‑M2/1‑23 (MQ=255) agacagaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttag > 2:384195‑M2/1‑22 (MQ=255) agacagaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtctttagactagtcattggagcacagatgagggatgtcttagggccggagaaacgcatacggc < 1:883040‑M2/150‑129 (MQ=255) taggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTaa < 3:1512209‑M2/30‑1 (MQ=255) agaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtac > 4:957672‑M2/1‑18 (MQ=255) agaTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtac < 2:1722014‑M2/150‑133 (MQ=255) ggggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTAc > 3:286395‑M2/11‑150 (MQ=255) aTAACGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccgga > 4:82748‑M2/1‑16 (MQ=255) ggcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTc > 4:1068764‑M2/9‑97 (MQ=255) gcaaatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTa > 2:609293‑M2/8‑88 (MQ=255) gcaaatcCACGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACaaa > 1:1662020‑M2/8‑150 (MQ=255) aCGTGACAGGACGtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtct > 2:700856‑M2/1‑13 (MQ=255) aatcCAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTc < 2:456990‑M2/146‑1 (MQ=255) tGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCa > 1:706141/1‑150 (MQ=255) CAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAAc > 1:422959‑M2/1‑84 (MQ=255) | AGAGCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACTGGACATCAGACAGGATATTACAAACTCAAT > NC_000913_3_hsa_tpiA/3291347‑3291643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |