| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | 781369 = | 3 (0.040) | 61 (0.890) +GG |
28/258 | 2.7 | 70.4% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913_3_hsa_tpiA | = 2521006 | 49 (0.700) | noncoding (76/76 nt) | valU | tRNA‑Val | |||||
AACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAA > NC_000913_3_hsa_tpiA/781228‑781517 | ttccttagaaaatgcgtttatttatatttaactctccctataatgcgtgacctaacagcgggggtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccacttcGGGTCGTTa > 2:729125‑M1/142‑150 (MQ=255) gcgcCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGTGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGt < 1:805165/150‑1 (MQ=255) gtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACttt < 2:748036‑M1/35‑1 (MQ=255) gtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACttt > 1:748036‑M1/77‑111 (MQ=255) gtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACccac < 1:198870‑M1/74‑1 (MQ=255) gtgattagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTGGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACccac > 2:111284‑M1/77‑150 (MQ=255) ttagctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAt < 1:392866‑M1/78‑1 (MQ=255) gctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTag < 2:95639‑M1/22‑1 (MQ=255) gctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTag > 1:95639‑M1/70‑91 (MQ=255) ctcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTaa > 2:448438‑M1/69‑150 (MQ=255) tcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCaa < 2:438048‑M1/42‑1 (MQ=255) tcagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCaa > 1:438048‑M1/68‑109 (MQ=255) cagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAg > 4:63289‑M1/67‑150 (MQ=255) cagctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAg > 2:709426‑M1/67‑150 (MQ=255) ctgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAggtg > 1:538703‑M1/64‑150 (MQ=255) tgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgctcccttcatcacccatcaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAggtgg > 3:76896‑M1/63‑150 (MQ=255) tgggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAggtgg < 1:494710‑M1/88‑1 (MQ=255) gggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGa > 3:443602‑M1/62‑92 (MQ=255) gggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGa < 4:443602‑M1/31‑1 (MQ=255) gggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAggtggt > 4:389586‑M1/62‑150 (MQ=255) ggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTa < 3:149130‑M1/9‑1 (MQ=255) ggagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTa > 4:149130‑M1/61‑69 (MQ=255) gagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTaa < 2:366301‑M1/38‑1 (MQ=255) gagagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTaa > 1:366301‑M1/60‑97 (MQ=255) gagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtt < 3:216693‑M1/34‑1 (MQ=255) gagcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACtt > 4:216693‑M1/58‑91 (MQ=255) gcacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTgg < 3:391183‑M1/95‑1 (MQ=255) cacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTagag < 2:31729‑M1/24‑1 (MQ=255) cacctcccttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTagag > 1:31729‑M1/55‑78 (MQ=255) ttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCa < 4:441242‑M1/51‑1 (MQ=255) ttacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCa > 3:441242‑M1/47‑97 (MQ=255) tacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGt > 4:148907‑M1/46‑150 (MQ=255) tacaaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTCAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGt > 2:494710‑M1/46‑150 (MQ=255) aaggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGaa > 2:230882‑M1/43‑150 (MQ=255) aaggagggggtcggcggttcgatcccggcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGaa > 1:173364‑M1/43‑150 (MQ=255) aggagggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAg > 2:283313‑M1/42‑150 (MQ=255) agggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGAt < 1:347445‑M1/112‑1 (MQ=255) gggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAAc < 3:455517‑M1/103‑1 (MQ=255) gggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAAc > 4:455517‑M1/38‑140 (MQ=255) ggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGt > 1:447399‑M1/37‑132 (MQ=255) ggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGt < 2:447399‑M1/96‑1 (MQ=255) ggggtcggcggttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATaa < 3:119359‑M1/114‑1 (MQ=255) ccGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGtt > 2:573439/1‑150 (MQ=255) ttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAg < 2:613430‑M1/84‑1 (MQ=255) ttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAg > 1:613430‑M1/26‑109 (MQ=255) ttcgatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAg > 4:388844‑M1/26‑150 (MQ=255) gatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGc > 3:259253‑M1/23‑87 (MQ=255) gatcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGc < 4:259253‑M1/65‑1 (MQ=255) atcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAtt > 3:411642‑M1/22‑100 (MQ=255) atcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAtt < 4:411642‑M1/79‑1 (MQ=255) atcccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGATGCTTACTAGTAGAGAACGTGTGCTATATCGTTTCCTTAGCAAc < 2:527302‑M1/129‑1 (MQ=255) cccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCACTTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACgg < 4:136291‑M1/131‑1 (MQ=255) cccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACgg < 1:148007‑M1/131‑1 (MQ=255) ccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGc > 3:180053‑M1/19‑150 (MQ=255) ccgtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGc > 4:119359‑M1/19‑150 (MQ=255) gtcatcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTGGCAGGTTCGAGTCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGcaacgttat > 4:321443‑M1/17‑146 (MQ=255) atcacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCATGCACGACCCACCAAAATAAAGAAGGTCACTAGAAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGaa < 1:436312‑M1/137‑1 (MQ=255) cacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTc < 2:135542‑M1/56‑1 (MQ=255) cacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTc > 1:135542‑M1/12‑67 (MQ=255) cacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGcc < 2:225630‑M1/133‑1 (MQ=255) cacccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGcc > 1:225630‑M1/12‑144 (MQ=255) ccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACgg < 1:586420‑M1/131‑1 (MQ=255) ccaccaccGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACgg > 2:586420‑M1/9‑139 (MQ=255) tGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGaa > 1:527227/1‑150 (MQ=255) | AACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAA > NC_000913_3_hsa_tpiA/781228‑781517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |