Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_000913_3_hsa_tpiA223,8550TA25.9% 39.0 / 17.1 27noncoding (85/1542 nt)rrsH16S ribosomal RNA of rrnH operon
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (10/10);  new base A (0/7);  total (10/17)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

CCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAA  >  NC_000913_3_hsa_tpiA/223708‑223890
                                                                                                                                                   |                                   
ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgc                                   >  3:340361/1‑150 (MQ=32)
ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgc                                   >  2:870940/1‑150 (MQ=32)
ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgc                                   >  2:184159/1‑150 (MQ=32)
 cAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgct                                  >  4:338147/1‑150 (MQ=32)
  aaGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgctt                                 <  3:719471/150‑1 (MQ=32)
   aGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttc                                >  1:1046123/1‑150 (MQ=32)
    gTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttct                               <  4:538812/150‑1 (MQ=32)
    gTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttct                               <  2:547482/150‑1 (MQ=32)
     tctcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttctt                              <  1:49167/150‑1 (MQ=32)
      ttcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACCCATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGCAGCAAGcttcttc                             <  2:45681/149‑2 (MQ=11)
      ctcAAGAGTGAACACGTAATTTATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCCGCAGGCCTAACACCTGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                             <  2:112895/150‑1 (MQ=12)
      ctcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGCGTATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCCAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                             <  4:263046/150‑2 (MQ=11)
      ctcAAGAGTGAACACGGAATTCATTACAAAGTTTAATTCTCTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                             <  4:713964/150‑2 (MQ=255)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTg                            <  1:1114480/150‑1 (MQ=32)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcc                            <  1:1044165/150‑3 (MQ=12)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcc                            <  3:568170/150‑3 (MQ=12)
        cAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                           <  3:365895/150‑4 (MQ=255)
        cAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                           <  3:365961/150‑4 (MQ=12)
         aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCt                          <  3:446016/150‑1 (MQ=32)
         aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGCAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCt                          >  1:288874/1‑150 (MQ=17)
           gagTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGa                        >  2:1011791/1‑150 (MQ=32)
             gTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACg                      <  2:355901/150‑1 (MQ=32)
              tGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGa                     >  1:116049/1‑150 (MQ=32)
              tGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGa                     <  3:539594/150‑1 (MQ=32)
                  cacGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGACAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTgg                 >  1:1150217/1‑150 (MQ=17)
                         ttCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg          >  2:104602/1‑150 (MQ=32)
                           cATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt        <  2:563792/150‑1 (MQ=32)
                              tACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAg     <  1:691326/150‑1 (MQ=32)
                               aCAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGACTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGt    >  4:445805/1‑150 (MQ=17)
                                cAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCGGACGAGTGGCGGACGGGGGAGTa   >  3:638373/1‑150 (MQ=14)
                                 aaaGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGACGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGCGGCGGTCGGGCGCGTaa  >  4:473865/1‑150 (MQ=11)
                                 aaaGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTaa  >  3:294297/1‑150 (MQ=11)
                                                                                                                                                   |                                   
CCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAA  >  NC_000913_3_hsa_tpiA/223708‑223890

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑