| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913_3_hsa_tpiA | 4,111,662 | 0 | G | A | 99.1% | 355.0 / NA | 110 | L179L (CTG→TTG) | yiiQ | DUF1454 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (57/52); total (57/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TAAAGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGAT > NC_000913_3_hsa_tpiA/4111516‑4111806 | gaaaGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCCAGTCTGTGAAACAGTATAGTGATTCATCGGCACAAAGGCTGTGCTTTTTGTCATTCATTCAAACCTTCAACCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAAcc < 2:341387/148‑1 (MQ=255) aGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCt > 1:53142/1‑149 (MQ=255) aGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCt < 1:796535/149‑1 (MQ=255) 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ccAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg < 1:508283/149‑1 (MQ=255) cAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCGGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGGTTTGTGTTTTgg > 1:89612/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGttt > 2:347507/1‑122 (MQ=255) aTCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGttt < 1:347507/122‑1 (MQ=255) tCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt < 1:160033/149‑1 (MQ=255) tCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGCCTCGGTGTAATAACGTTTGGTTTCCACCGACGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt < 1:443026/149‑1 (MQ=255) cGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATg < 1:258164/149‑1 (MQ=255) gTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg > 2:793306/1‑149 (MQ=255) gTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGGAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTACCGACTGCAGGTTTTTCTGGCTTTGTCTTTTGGTGATTAATggg > 2:331982/1‑149 (MQ=255) gTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTACACCTTCTGTCTCGGGGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCCGTTTTTTCTGGATTTGTGTTTTGGTCAGTAATggg > 1:430136/1‑149 (MQ=255) cAACAGCGCAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTATCTGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGAGACTGCAGGCTTTTCTGGTTTTGTGTTTTGGTCATTAATTGGGTg > 2:378755/1‑149 (MQ=255) 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ggTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCATTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGa > 1:192798/1‑149 (MQ=255) | TAAAGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGAT > NC_000913_3_hsa_tpiA/4111516‑4111806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |