Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,037,225	0	A	C	33.3%	15.2 / 11.7	21	intergenic (+8/‑35)	ileT/alaT	tRNA‑Ile/tRNA‑Ala
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (6/8);  new base C (0/7);  total (6/15)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAG  >  NC_000913/4037077‑4037239                                                                                                                                                     |               aaaGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa                <  1:507692/149‑1 (MQ=34)   agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg              <  1:1065964/149‑1 (MQ=34)   agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg              >  2:1125258/1‑149 (MQ=34)   agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCAACTCATGCCTACCAAATTTGCACg              >  2:1016428/1‑149 (MQ=21)    gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACgg             >  2:501283/1‑149 (MQ=34)    gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACgg             >  2:141800/1‑149 (MQ=34)       gCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCaa          >  1:812522/1‑149 (MQ=34)       gCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGCTGGTTCAAGACCACTCATGCCTACCAAATTTGCACGGCaa          >  2:947592/1‑149 (MQ=255)           tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:1021699/149‑1 (MQ=12)           tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:725427/149‑1 (MQ=12)           tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:893280/149‑1 (MQ=12)           tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAAttt      <  2:407782/149‑1 (MQ=32)           tCTTTGAAGTCCTCACCCTGATTTTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAAGATCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGAACCCCTTATTAGTGTGAGGTCGGTGGTTCTAGTCCACTCAGTCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:287438/149‑1 (MQ=11)            cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTg     <  2:925599/149‑1 (MQ=32)             tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTgg    <  1:674595/149‑2 (MQ=12)             tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTGCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa    <  1:233184/149‑1 (MQ=17)             tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTCATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTCAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa    <  2:1242437/149‑1 (MQ=17)             tttGAAGTGCGCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGGGCAAATTTgg    <  1:152270/149‑2 (MQ=12)             tttGAAGGGCTCACACAGAGTGGCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGGAGCTCAGGGGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa    <  1:199126/149‑1 (MQ=11)              ttGAAGTGCTCACCCAGATTGTATGATGAACATGAGCATGAACACCTCTACAGGCTTGTAGCTCCGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGTTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGaa   <  2:1464730/149‑1 (MQ=11)              ttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGaa   <  1:1528606/149‑1 (MQ=32)               tGAAGTGCTCACACAGATTCTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTggta  <  1:75612/149‑4 (MQ=11)                                                                                                                                                     |               AAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAG  >  NC_000913/4037077‑4037239

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑