Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,037,2260CG33.3% 22.8 / 12.2 21intergenic (+9/‑34)ileT/alaTtRNA‑Ile/tRNA‑Ala
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (6/8);  new base G (0/7);  total (6/15)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAG  >  NC_000913/4037079‑4037239
                                                                                                                                                   |             
agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg              <  1:1065964/149‑1 (MQ=34)
agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg              >  2:1125258/1‑149 (MQ=34)
agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCAACTCATGCCTACCAAATTTGCACg              >  2:1016428/1‑149 (MQ=21)
 gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACgg             >  2:501283/1‑149 (MQ=34)
 gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACgg             >  2:141800/1‑149 (MQ=34)
    gCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCaa          >  1:812522/1‑149 (MQ=34)
    gCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGCTGGTTCAAGACCACTCATGCCTACCAAATTTGCACGGCaa          >  2:947592/1‑149 (MQ=255)
        tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:1021699/149‑1 (MQ=12)
        tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:725427/149‑1 (MQ=12)
        tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:893280/149‑1 (MQ=12)
        tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAAttt      <  2:407782/149‑1 (MQ=32)
        tCTTTGAAGTCCTCACCCTGATTTTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAAGATCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGAACCCCTTATTAGTGTGAGGTCGGTGGTTCTAGTCCACTCAGTCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt      <  2:287438/149‑1 (MQ=11)
         cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTg     <  2:925599/149‑1 (MQ=32)
          tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTg   <  1:674595/149‑2 (MQ=12)
          tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTGCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa    <  1:233184/149‑1 (MQ=17)
          tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTCATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTCAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa    <  2:1242437/149‑1 (MQ=17)
          tttGAAGTGCGCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGGGCAAATTTg   <  1:152270/149‑2 (MQ=12)
          tttGAAGGGCTCACACAGAGTGGCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGGAGCTCAGGGGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa    <  1:199126/149‑1 (MQ=11)
           ttGAAGTGCTCACCCAGATTGTATGATGAACATGAGCATGAACACCTCTACAGGCTTGTAGCTCCGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGTTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGaa   <  2:1464730/149‑1 (MQ=11)
           ttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGaa   <  1:1528606/149‑1 (MQ=32)
            tGAAGTGCTCACACAGATTCTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTggta  <  1:75612/149‑4 (MQ=11)
                                                                                                                                                   |             
AGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAG  >  NC_000913/4037079‑4037239

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: