Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,037,2260CG40.0% 7.1 / 20.7 20intergenic (+9/‑34)ileT/alaTtRNA‑Ile/tRNA‑Ala
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (10/2);  new base G (0/8);  total (10/10)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-02
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAG  >  NC_000913/4037081‑4037241
                                                                                                                                                 |               
aagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGGTCAAGTCCAATCAGGCCTACCAAATTTGCACGGc              >  1:1266876/1‑149 (MQ=21)
    gTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGACGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTACACGTCAAAt          >  2:750375/1‑149 (MQ=255)
     ttCTTTGAAGTGCTCACACATATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTATAGCTAACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGTCAAAtt         >  2:1224534/1‑149 (MQ=11)
     ttCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAAtt         >  2:324938/1‑149 (MQ=33)
      tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAACTGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAAttt        <  1:129144/149‑1 (MQ=17)
      tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCCCTCCGGCCTACAAAATTTGCACGGCAAAttt        >  2:1444679/1‑149 (MQ=12)
      tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAAttt        <  1:297564/149‑1 (MQ=12)
      tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTCTACCTCACGTGGTTAGAGCGCACCCCAGATAAGGGTGAGGACGGAGGTTAAAGTCCACTAAGGCCTACAAAATATACACGGAAAAatt        >  2:85756/1‑149 (MQ=11)
       cattGAAGTGCTCACACAGCTTGACGGATGAAAATGAGCAGTAAAACCGCAACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTg       <  2:1139244/147‑1 (MQ=11)
       cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCCGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTg       <  1:510063/149‑1 (MQ=255)
        tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAACCCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCAGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTgg      <  1:319831/149‑2 (MQ=11)
        tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGa      <  2:256360/149‑1 (MQ=32)
         ttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGaa     >  1:472861/1‑149 (MQ=32)
          tGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGATCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTggta    <  2:663755/149‑4 (MQ=11)
          tGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACACGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATCTGCCGTGCAAATTTggta    <  2:29387/149‑4 (MQ=11)
          tGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTAAACAGGGTTGTAGCTCAGGGGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGGTCAAGGCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTggta    <  1:1590606/149‑4 (MQ=11)
           gAAGTGCTCACCCAGCTTGCCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCGGATACGGGTGAGGGCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCGTGCAAATTTggtag   <  1:1611717/149‑5 (MQ=11)
           gAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAaga   >  2:576073/1‑149 (MQ=31)
            aaGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAtgag  >  2:709165/1‑149 (MQ=11)
            aaGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAagag  >  2:717152/1‑149 (MQ=11)
                                                                                                                                                 |               
AAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAG  >  NC_000913/4037081‑4037241

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑