| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 4497952 | 128 (1.270) | 9 (0.100) | 8/276 | 9.5 | 7.0% | intergenic (+12/‑320) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA |
| ? | NC_000913 | = 4497954 | 118 (1.250) | intergenic (+14/‑318) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACC > NC_000913/4497806‑4498102 | tataTCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCaaa < 2:441140/149‑1 (MQ=255) atCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGc > 2:770515/1‑149 (MQ=255) atCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTAGCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGc > 2:957996/1‑149 (MQ=255) ccATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGccc > 2:454444/1‑149 (MQ=255) cATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTTATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCTGGCAAATTccag > 1:1081364/1‑147 (MQ=255) cATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCg < 1:141813/149‑1 (MQ=255) aTAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCgg > 2:7436/1‑149 (MQ=255) aTAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCgg > 2:1062519/1‑149 (MQ=255) tAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCggg > 1:152261/1‑149 (MQ=255) tAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCACGGGCATTGGCCCggg > 1:883170/1‑149 (MQ=255) aaaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCATTTGCCCGGGa < 2:606912/149‑1 (MQ=255) aGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAat > 1:1145109/1‑149 (MQ=255) cAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAatta > 2:1481455/1‑149 (MQ=255) tCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAgg > 1:1053163/1‑149 (MQ=255) cTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGa > 1:50763/1‑149 (MQ=255) ggAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatt < 2:519281/149‑1 (MQ=255) ggAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatt < 1:432474/149‑1 (MQ=255) cGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCt < 1:147454/149‑1 (MQ=255) 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ttGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTa < 1:1481455/149‑1 (MQ=255) aTGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaaa < 2:1602975/149‑1 (MQ=255) gCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaaaaa < 1:437263/149‑1 (MQ=255) gCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaaaaa < 1:695026/149‑1 (MQ=255) cTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAg < 1:348465/149‑1 (MQ=255) tACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGAAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATACCGGGCAAATGCCAGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTATGTTaaaaaata > 2:821906/1‑147 (MQ=255) aCAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGAc > 1:404710/1‑149 (MQ=255) tggGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGt < 1:195691/149‑1 (MQ=255) gCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTAtt > 1:697274/1‑149 (MQ=255) ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTa > 2:1201362/1‑149 (MQ=255) ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTa > 2:25524/1‑149 (MQ=255) ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTa > 2:232219/1‑149 (MQ=255) cGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAATACAAACGGTATTaa > 1:656951/1‑149 (MQ=255) gATTTTCTGGTTTTAAACATAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTTAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCAGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAAc < 2:1382597/149‑1 (MQ=255) gATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTaaa > 1:1412238/1‑148 (MQ=255) 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aaaGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGCCAAATCCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAAATGATGTATTTAATATTTACCga > 1:226276/1‑148 (MQ=255) ggTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACgg > 2:677869/1‑117 (MQ=255) ggTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACgg < 1:677869/117‑1 (MQ=255) gTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACAGATGTATTTACTATTTACCGCTccc > 2:456265/1‑149 (MQ=255) tttATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTccat > 2:333006/1‑147 (MQ=255) tCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAg < 2:1536105/149‑1 (MQ=255) 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aaTGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAAc < 2:865364/149‑1 (MQ=255) | TATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACC > NC_000913/4497806‑4498102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |