| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,128,138 | 0 | T | . | 30.8% | 27.1 / 11.4 | 13 | intergenic (‑117/‑134) | glcD/glcC | glycolate oxidase subunit, FAD‑linked/glycolate‑inducible glc operon transcriptional repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/3); new base . (2/2); total (8/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTCC > NC_000913_3_pae_tpiA/3127993‑3128267 | tCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCAttttt > 4:64475/1‑150 (MQ=255) ttCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGctct < 4:106797/150‑1 (MQ=255) gATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGt > 1:168251/1‑150 (MQ=255) ttgtgtGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAAc < 2:168251/150‑1 (MQ=255) aGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCAc > 1:47410/1‑150 (MQ=255) aGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCAc > 2:75054/1‑150 (MQ=255) aTTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAAt < 1:62088/121‑1 (MQ=255) aTTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAAt > 2:62088/1‑121 (MQ=255) attaAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACa > 3:55131/1‑150 (MQ=255) cGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTaaa > 1:192455/1‑91 (MQ=255) cGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTaaa < 2:192455/91‑1 (MQ=255) ttcgttttcgtCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCTTGTCTTGGTTAACTCAATTTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGTGTTAAGAACAGAAAAATTGGTcc > 2:188087/1‑150 (MQ=255) cTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTTAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCAc < 2:47410/150‑1 (MQ=255) tttAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTcc > 1:174927/1‑150 (MQ=255) | TCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTCC > NC_000913_3_pae_tpiA/3127993‑3128267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |