| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 333,465 | A→G | 5.7% | intergenic (+6/+36) | yahA → / ← yahB | c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase/putative DNA‑bindng transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 333,465 | 0 | A | G | 5.7% | 201.1 / 3.9 | 71 | intergenic (+6/+36) | yahA/yahB | c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase/putative DNA‑bindng transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/33); new base G (2/2); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-02 | |||||||||||
GCGGAAGGGGTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCC > NC_000913_3_pae_tpiA/333322‑333612 | gCGGAAGGGGTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCt > 2:914004/1‑149 (MQ=255) gAAGGGGTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCACGTGGTTGATGTAAACCGCTAtt > 1:864833/1‑149 (MQ=255) aaGGGGTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTc < 1:334958/149‑1 (MQ=255) aGGGGTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTACAGGCGTACAAGTTTGGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTca < 1:313287/149‑1 (MQ=255) gggTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTcaca < 1:2118/149‑1 (MQ=255) ggTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAg < 1:295925/149‑1 (MQ=255) ggTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTAACTTATTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTcacac > 2:627462/1‑148 (MQ=255) gTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAgc > 2:912140/1‑149 (MQ=255) 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aGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAg < 2:582110/149‑1 (MQ=255) gAGCAGGCTGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGt < 1:776961/149‑1 (MQ=255) ggCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCgg < 2:806187/139‑1 (MQ=255) ggCGGATTTAATGATCGGTAAAGACGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCgg > 1:806187/1‑139 (MQ=255) gCGGCTTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAg < 1:209784/149‑1 (MQ=255) 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ttAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAGCCGCTATTCACAGCGCATCg < 1:334754/131‑1 (MQ=255) ttAATGATCGGTAAAGGCATTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTCCCGGGTAATAAATTTATCTGTGAATGGGTAATGAACGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACGGCGCATCTGGAGGTTTGCGGCGATTa > 2:258065/1‑149 (MQ=255) taattttCGGGAAAGGCGTTCACGTTTTGCTAAACTTTTTATATTCGCTGTCAGTACCTGGTAATAAATTTATCTTTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTaa < 2:895269/143‑1 (MQ=255) aTGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAAtt < 1:463377/149‑1 (MQ=255) aTGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAAtt < 1:463202/149‑1 (MQ=255) 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gggCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATGAATTCTCCCGATGCAGGAAATCCTGATAGAAcc > 1:88868/1‑149 (MQ=255) gCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATcccc < 1:143057/149‑1 (MQ=255) gCTATTTGTACTCTCAGCTAGTACCGGGTAATATATTTATCTCTGAGTGGGTAATGAAAGCTGGTGGTTGATGTAATCCGCTATTTACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATcccc < 2:876924/149‑1 (MQ=255) ttGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGCAACCACGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCTCATCGGGAGGTGCACGTCGACTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATACGCGTTaa > 1:597699/1‑149 (MQ=255) gttttatcCGCCAGTATCGTGTTTTTAATTTCTCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAata < 1:216226/143‑1 (MQ=255) 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gCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTg > 1:815318/1‑149 (MQ=255) gCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTg < 2:497135/149‑1 (MQ=255) gCCAGGACCGGGTAATACATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTACTTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTg < 1:696135/149‑1 (MQ=255) ccAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTgg < 2:521981/149‑1 (MQ=255) cGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAAt > 1:840781/1‑149 (MQ=255) 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aTGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCTGGATAGAGCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAg > 2:753011/1‑149 (MQ=255) tGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGt < 2:214949/149‑1 (MQ=255) aaCCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGcc > 1:780472/1‑149 (MQ=255) | GCGGAAGGGGTAGAAACCCAGGAGCAGGCGGATTTAATGATCGGTAAAGGCGTTCACTTTTTGCAGGGCTATTTGTACTCTCCGCCAGTACCGGGTAATAAATTTATCTCTGAATGGGTAATGAAAGCAGGTGGTTGATGTAAACCGCTATTCACAGCGCATCGGGAGGTTGGCAGCGATTAATTCTCCCGATGCAGTAAATCCTGATAGATCCCCGTTAATATGCCATTTGGCGCAAATTGTTTTTTAATCCACTGCGTCACCTGACCCGTAGCAGAATGCTGAGTCGCC > NC_000913_3_pae_tpiA/333322‑333612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |