| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,440,923 | C→T | G36D (GGC→GAC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,440,923 | 0 | C | T | 98.0% | 518.0 / ‑2.9 | 150 | G36D (GGC→GAC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (74/71); total (77/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
AGGTTGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGA > NC_000913_3_pae_tpiA/3440776‑3441063 | gTTGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCaaa < 1:1399230/150‑1 (MQ=255) ttGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAg > 3:156577/1‑150 (MQ=255) cAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACg > 2:1388876/1‑150 (MQ=255) 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tatCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAg > 1:803361/1‑144 (MQ=255) tatCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAg < 2:803361/144‑1 (MQ=255) tGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg < 1:748646/143‑1 (MQ=255) tGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg > 2:748646/1‑143 (MQ=255) gCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATATGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGgc < 3:641672/150‑1 (MQ=255) 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tagtaCACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGat > 3:305269/1‑150 (MQ=255) acacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCa > 4:22744/1‑150 (MQ=255) cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGc < 2:679747/95‑1 (MQ=255) cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGc > 1:679747/1‑95 (MQ=255) cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg < 1:998797/109‑1 (MQ=255) cacCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAg > 2:998797/1‑109 (MQ=255) 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(MQ=255) gagCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATc < 3:469560/102‑1 (MQ=255) agCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTcc > 3:967279/1‑150 (MQ=255) agCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTcc > 4:276620/1‑150 (MQ=255) aGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCctct > 2:1122834/1‑150 (MQ=255) a‑aTACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTaaa > 1:1383391/1‑49 (MQ=255) aTACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCtt < 2:495728/150‑1 (MQ=255) aCGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGa < 2:1447598/112‑1 (MQ=255) cGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTcaca > 1:128152/1‑123 (MQ=255) cGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTgg < 4:822169/150‑1 (MQ=255) cGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTATGTAACAGAACCATGCATTGTGTCCTCTCTTTgg > 1:995989/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGt < 4:433778/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGt > 2:208739/1‑150 (MQ=255) gcgcAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTa < 2:672033/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGCCCCCGTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTa < 3:243015/150‑1 (MQ=255) gcAGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACt < 1:1122834/150‑1 (MQ=255) aGTGCGTTACCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTaa > 3:906597/1‑150 (MQ=255) aCCCAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACt > 3:673366/1‑150 (MQ=255) cAGAGTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTgg < 1:1006846/150‑1 (MQ=255) agagTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGaa > 1:1620808/1‑94 (MQ=255) agagTATGGTCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGCGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGa > 4:74696/1‑150 (MQ=255) | AGGTTGAGCAGGATTTCCAGGATATCTTCCTGAACGCCTTCTTTGGTGCTGTACTCATGTAGTACACCATCAATCTCAACCTCGGTCACCGCGCAACCCGGCATCGATGAGAGCAGA‑ATACGGCGCAGTGCGTTACCCAGAGTATGGCCAAAGCCACGCTCTAAAGGCTCAAGGGTCACCTTGGCGTGCGTCGAACTCACTTGCTCGATATCAACCAGGCGCGGTTTTAGAAACTCTGTCACAGAACCCTGCATTGTGTCCTCTCTTTGGTACTAAGCTTTACTTGGA > NC_000913_3_pae_tpiA/3440776‑3441063 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |