| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,158,703 | A→G | T100A (ACA→GCA) | oxyR → | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,158,703 | 0 | A | G | 94.4% | 280.6 / 5.2 | 90 | T100A (ACA→GCA) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base G (41/44); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
ACCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCG > NC_000913_3_pae_tpiA/4158556‑4158846 | aCCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGACAGTCCTTAAAGAGATGTCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCcaca < 4:647045/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAg < 3:182949/150‑1 (MQ=255) aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGtt > 4:367735/1‑150 (MQ=255) gCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTg > 4:416705/1‑150 (MQ=255) cGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGa < 3:100776/150‑1 (MQ=255) gTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAc < 2:109643/150‑1 (MQ=255) gTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAc > 4:639573/1‑150 (MQ=255) tAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAc < 3:667977/149‑1 (MQ=255) tAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAc > 4:667977/1‑149 (MQ=255) gttgttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCCGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCt < 1:745195/150‑1 (MQ=255) cACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTAcc > 2:1031927/1‑150 (MQ=255) aGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCata < 4:445852/150‑1 (MQ=255) gCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtatt > 2:29515/1‑150 (MQ=255) gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 3:416705/150‑1 (MQ=255) gctgctGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt < 2:7545/150‑1 (MQ=255) gctgctGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt < 2:1107490/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAcc < 2:641546/121‑1 (MQ=255) tgctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGAcc > 1:641546/1‑121 (MQ=255) ggtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCa < 4:49235/150‑1 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCat < 2:114124/132‑1 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCat > 1:114124/1‑132 (MQ=255) gATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGAGCTCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAg > 3:640566/1‑150 (MQ=255) gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCttt < 1:1031927/150‑1 (MQ=255) gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCttt < 1:29515/150‑1 (MQ=255) gcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCata > 3:50489/1‑122 (MQ=255) gcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCata < 4:50489/122‑1 (MQ=255) aCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAg < 2:1285481/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtatt < 4:202584/118‑1 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtatt > 3:202584/1‑118 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt > 1:1307176/1‑150 (MQ=255) tgctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg > 3:497686/1‑150 (MQ=255) ctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACGTTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa < 2:954879/150‑1 (MQ=255) gcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAAt < 3:639573/150‑1 (MQ=255) gAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTAt > 4:365506/1‑150 (MQ=255) ggTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTAtgc > 3:545508/1‑148 (MQ=255) gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCg > 2:531811/1‑99 (MQ=255) gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 1:531811/99‑1 (MQ=255) gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTc > 4:644608/1‑130 (MQ=255) gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTc < 3:644608/130‑1 (MQ=255) gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATg < 1:650041/144‑1 (MQ=255) gTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATg > 2:650041/1‑144 (MQ=255) gAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGc < 2:1307030/134‑1 (MQ=255) gAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGc > 1:1307030/1‑134 (MQ=255) gAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCa < 2:1307176/150‑1 (MQ=255) gAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCa > 2:977327/1‑150 (MQ=255) gTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGaa > 1:1104371/1‑150 (MQ=255) ttAAAGAGATGGCTAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 2:985491/99‑1 (MQ=255) ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc > 1:985491/1‑99 (MQ=255) ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcac > 2:615527/1‑150 (MQ=255) tAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcaca < 1:615527/150‑1 (MQ=255) aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAg < 3:593702/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt > 1:282641/1‑93 (MQ=255) ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt < 2:282641/93‑1 (MQ=255) ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGa > 1:166376/1‑104 (MQ=255) ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGa < 2:166376/104‑1 (MQ=255) ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccacca > 2:1180299/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGa < 1:825274/119‑1 (MQ=255) gCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGa > 2:825274/1‑119 (MQ=255) gCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAg > 2:404162/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCAGAAGGGCGAGCCGATGTCCGGACCGCTGAACATTGGATTGATTCCCGCAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAg > 2:269943/1‑150 (MQ=255) cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGt > 2:765463/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |