| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 2727891 = | NA (NA) | 22 (0.280) | 18/248 | 6.1 | NA | noncoding (1294/2904 nt) | rrlG | 23S ribosomal RNA of rrnG operon |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 2727910 = | NA (NA) | noncoding (1275/2904 nt) | rrlG | 23S ribosomal RNA of rrnG operon | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
CTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_pae_tpiA/2728045‑2727891‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccgctTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACATCT > NC_000913_3_pae_tpiA/2727910‑2728058 CTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGC < 2:471276/150‑1CTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGC > 2:740602/1‑150 TAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGTATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCC > 4:250846/1‑150 TAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGGGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCC > 1:494622/1‑150 TAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCC > 4:423629/1‑150 AAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCC < 4:353131/150‑1 AAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCC > 3:29467/1‑150 AACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG > 2:116230/1‑150 ACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGGTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGC > 3:132082/1‑150 CCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCT < 1:588556/150‑1 GCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTAT < 2:887947/150‑1 CGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATC > 2:969464/1‑147 CGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATC < 1:969464/147‑1 CGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTT > 2:921693/1‑135 CGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTT < 1:921693/135‑1 GGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG > 1:337615/1‑102 GGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG < 2:337615/102‑1 TTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG < 1:651577/95‑1 TTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG > 2:651577/1‑95 TGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG < 1:794728/74‑1 TGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG > 2:794728/1‑74 TGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGC < 1:395927/68‑1 TGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGC > 2:395927/1‑68 TATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG < 1:139136/53‑1 TATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCG > 2:139136/1‑53 TCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCACGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAAC > 4:250557/1‑150 AGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGC > 3:212972/1‑150 AGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTT < 3:449540/53‑1 AGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTT > 4:449540/1‑53 AGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTCTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGC > 2:747429/1‑150 CTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACG < 4:383074/118‑1 CTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACG > 3:383074/1‑118 TGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCC < 4:320778/122‑1 TGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCC > 3:320778/1‑122 ATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGC > 3:495241/1‑150 ATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTC < 4:388783/106‑1 ATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTC > 3:388783/1‑106 TAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTC < 2:841437/86‑1 TAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTC > 1:841437/1‑86 AAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGCTACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTCCCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATG > 3:414609/1‑150 AAGCGGGTGAAAAGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATG > 2:525024/1‑150 AGCCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGT < 4:212972/150‑1 CCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCAC < 3:244920/59‑1 CCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCAC < 3:244946/59‑1 CCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCAC > 4:244946/1‑59 CCCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCAC > 4:244920/1‑59 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTAC < 1:456697/150‑1 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTAC > 2:646685/1‑150 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTAC > 4:360590/1‑150 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGT < 3:125942/147‑1 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGT > 4:125942/1‑147 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTT < 1:267356/77‑1 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTT > 2:267356/1‑77 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATA > 1:183372/1‑41 CCGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATA < 2:183372/41‑1 CGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACA < 3:230466/150‑1 CGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACA < 2:496816/150‑1 CGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACA > 2:453527/1‑150 CGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACA < 4:409518/150‑1 CGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGC < 2:847197/141‑1 CGCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGC > 1:847197/1‑141 GCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAAC > 3:551365/1‑100 GCTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAAC < 4:551365/100‑1 CTTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACATC < 2:350882/150‑1 TTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATCAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACATCT > 1:36307/1‑150 TTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACATCT > 2:567185/1‑150 TTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACATCT > 2:466010/1‑150 CTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTATGCGTTGTTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCTGCGAAGGTGTGCTGTGAGGCATGCTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATAAGTAACGATAAAGCGGGTGAAAAGCCCGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_pae_tpiA/2728045‑2727891‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccgctTTATCGTTACTTATGTCAGCATTCGCACTTCTGATACCTCCAGCATGCCTCACAGCACACCTTCGCAGGCTTACAGAACGCTCCCCTACCCAACAACGCATAAGCGTCGCTGCCGCAGCTTCGGTGCATGGTTTAGCCCCGTTACATCT > NC_000913_3_pae_tpiA/2727910‑2728058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |