| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 172,545 | G→A | 5.2% | V362M (GTG→ATG) | fhuB → | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 172,545 | 0 | G | A | 5.2% | 234.1 / 2.1 | 77 | V362M (GTG→ATG) | fhuB | iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/39); new base A (2/2); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
TTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTA > NC_000913_3_pae_tpiA/172398‑172692 | ttGATCGGTGGGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGTGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCtgt < 1:1084258/149‑1 (MQ=255) aTCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTgtggt > 2:109256/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGGATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATTTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTgtggtg < 1:295552/149‑1 (MQ=255) tCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTGTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTgtggtg < 1:598087/149‑1 (MQ=255) tCGGGGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTgtggtg < 1:598014/149‑1 (MQ=255) cGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTgtggtgg < 2:1297194/149‑1 (MQ=255) ggtggccgccGCTACTGTGGCTGGTGCCGCGGTTACGTAGCATTCGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTgtggtggtg < 1:451452/145‑1 (MQ=255) tGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGtggtggtgg < 2:207753/149‑1 (MQ=255) gccgcTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGgcgc < 2:777201/149‑1 (MQ=255) gccgcTGCTACTGTGGATGTTGACGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTAGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGAGGGGGTGgcgc > 2:675031/1‑149 (MQ=255) gctgctACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGGAGGAGTATGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGt > 1:692676/1‑149 (MQ=255) gctgctACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGt > 2:719047/1‑149 (MQ=255) tACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGttt < 2:959745/149‑1 (MQ=255) aCTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTg < 2:198723/149‑1 (MQ=255) tgtgGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTTGTGGCGCTGTCGGTTGGt > 2:1024323/1‑149 (MQ=255) tgGCTGTTTCCGCGTTTACGCAGCATTAGCTCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCg < 1:1029572/149‑1 (MQ=255) tgGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGAGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGGGCGGTCGTTTGGGCg > 2:282666/1‑149 (MQ=255) gCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTg > 1:267985/1‑149 (MQ=255) cTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGa < 1:1131120/149‑1 (MQ=255) tGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTCTCGCGGCTGAACGACAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGTCGGCATGCTGCTGTTGAGGGCCGAGAGAGTGGCGCTGTCGTTTGATCGGGAt > 2:817365/1‑149 (MQ=255) tGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATAAGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGACCTGTGGCTTGGTAGGGAt > 2:242446/1‑149 (MQ=255) ttcccGTGTTTACGCAGCCTTAGCGCGCCGTATATGAAGGTCAACGATCGTCTCTCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGGGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTTGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATgc < 2:196278/146‑1 (MQ=255) ccGCGGTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCa < 2:252975/149‑1 (MQ=255) 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gcaTTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCACCGATCGTGTCGCGGCTGCCGGCCCAGATGTGCTGGCGTGTGCCCTCGCGGGCGGGGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTgg < 2:1403996/149‑1 (MQ=255) gcaTTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTgg < 1:1279859/149‑1 (MQ=255) gcaTTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTgg < 2:920899/149‑1 (MQ=255) ttAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCg > 1:387724/1‑149 (MQ=255) gcCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCgggg < 2:800402/149‑1 (MQ=255) 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aaGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGa < 1:1206088/149‑1 (MQ=255) aGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAg < 2:1101234/149‑1 (MQ=255) tCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGAt > 2:23941/1‑149 (MQ=255) cAACGATCGGGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGAtt < 1:44002/149‑1 (MQ=255) aaCGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAATATGGTGTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGCttt > 2:876851/1‑149 (MQ=255) 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tgctgcTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGAttt < 2:946316/91‑1 (MQ=255) tgctgcTGTGGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcg > 2:1014406/1‑149 (MQ=255) ctgctgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCCGGCGTCATGCtggcggt > 2:908972/1‑149 (MQ=255) tgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtggcc > 1:94140/1‑148 (MQ=255) gtttGATGGCTGTGGTGGTGGCGTTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtggcg < 1:135732/147‑1 (MQ=255) ttGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCggg > 2:347596/1‑149 (MQ=255) ttGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAACTATCGCAGCGGCGATTGCGGGCGGCATGCCGGCCGTGGCggg > 1:997318/1‑149 (MQ=255) ggCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGCTTGGTCAGAATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGta > 1:730849/1‑149 (MQ=255) gCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGtat > 1:1062154/1‑149 (MQ=255) tgtgGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGtatta < 2:105996/149‑1 (MQ=255) tgtgGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGAGTGAGGGGTGTTGTTCGAGGATTTAATGCTCTGGCGCCGCCCGCGAATAATTTCAGCACTGTGTTCGGGCGTCTTGCTGGCGGTGGCGGGCCGtgttg > 2:1403699/1‑148 (MQ=255) tgtgGGGGTGGCGCTGTCGTGTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGtatta < 2:359870/149‑1 (MQ=255) | TTGATCGGTGCGCCGCTGCTACTGTGGCTGTTGCCGCGTTTACGCAGCATTAGCGCGCCGGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTA > NC_000913_3_pae_tpiA/172398‑172692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |