| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 1,532,199 | C→A | V128V (GTC→GTA) | ydcC → | H repeat‑associated putative transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 1,532,199 | 0 | C | A | 93.3% | 310.1 / 17.5 | 120 | V128V (GTC→GTA) | ydcC | H repeat‑associated putative transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/4); new base A (58/54); total (62/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGAAAAAT > NC_000913_3_pae_tpiA/1532054‑1532318 | gTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTa < 2:671270/150‑1 (MQ=25) tCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGtt > 1:745729/1‑150 (MQ=25) tGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTtctc < 4:544325/150‑1 (MQ=25) cAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTcaa < 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aaaTTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTcaaca > 1:119332/1‑150 (MQ=35) aCGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGcaca > 4:180621/1‑150 (MQ=25) gAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGt < 1:871827/150‑1 (MQ=35) gAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGt > 1:781115/1‑150 (MQ=25) aGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTc > 1:1157366/1‑150 (MQ=25) 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< 1:180554/150‑1 (MQ=25) attaACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATc < 1:688984/150‑1 (MQ=25) ttaACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCg < 2:781115/150‑1 (MQ=25) ttaACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCg < 1:1281607/150‑1 (MQ=25) ttaACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCg < 2:731831/150‑1 (MQ=25) ttaACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCg < 1:746318/150‑1 (MQ=25) 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(MQ=17) ttATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAg > 3:776745/1‑122 (MQ=18) ttATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAgg > 4:711411/1‑150 (MQ=17) ttATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAgg > 4:807085/1‑150 (MQ=17) ttATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAgg > 4:807209/1‑150 (MQ=17) tATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAAt < 2:1058665/38‑1 (MQ=255) tGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGaaa < 4:43143/150‑1 (MQ=17) gATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGaaaa < 1:1212242/150‑1 (MQ=32) gATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACa < 2:1191138/130‑1 (MQ=17) gATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGaaaa > 1:1407731/1‑150 (MQ=17) gATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGaaaa > 4:630241/1‑150 (MQ=17) aTAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTaaa < 4:476954/143‑1 (MQ=14) aTAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTaaa > 3:476954/1‑143 (MQ=14) aTAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTAATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGaaaaa > 3:508919/1‑150 (MQ=14) | GTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCATTCTTATGATAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTTCTTAACATGCTGGATATTAAAGGAAAAAT > NC_000913_3_pae_tpiA/1532054‑1532318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |