| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,440,435 | C→A | D199Y (GAC→TAC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,440,435 | 0 | C | A | 98.7% | 265.4 / NA | 77 | D199Y (GAC→TAC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (40/36); minor base T (1/0); total (41/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACC > NC_000913_3_pae_tpiA/3440288‑3440579 | ctGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACa < 2:1042368/150‑1 (MQ=255)ctGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACa < 3:620554/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAg < 1:1067019/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAg > 4:120840/1‑150 (MQ=255) tttCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTc > 2:1136164/1‑150 (MQ=255) cttcttTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGCTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTAc > 3:17043/1‑150 (MQ=255) ttcttTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACg > 2:93298/1‑150 (MQ=255) tttCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTg > 4:786720/1‑150 (MQ=255) 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aTCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAAc > 3:24602/1‑150 (MQ=255) aTCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAAc < 3:786720/150‑1 (MQ=255) tCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACa > 2:748670/1‑150 (MQ=255) cGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCTTATCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACAttt > 1:671653/1‑149 (MQ=255) cGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTg < 1:93298/150‑1 (MQ=255) tAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTa < 3:120840/150‑1 (MQ=255) tCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACg > 2:61605/1‑116 (MQ=255) tCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACg < 1:61605/116‑1 (MQ=255) gAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCt < 2:29704/113‑1 (MQ=255) gAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCt > 1:29704/1‑113 (MQ=255) gAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACg > 2:583311/1‑150 (MQ=255) 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aTCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAtt < 3:123435/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAt < 2:718582/145‑1 (MQ=255) ccTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAt > 1:718582/1‑145 (MQ=255) ccTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTACCATTTAAATGATCATCGTCTTTAAGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTACACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGgc > 4:35819/1‑150 (MQ=255) tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGAc < 4:399547/128‑1 (MQ=255) tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGAc > 3:399547/1‑128 (MQ=255) tctTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGgcgc > 3:192651/1‑150 (MQ=255) ttCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCaa > 1:653106/1‑95 (MQ=255) ttCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCaa < 2:653106/95‑1 (MQ=255) ttCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTc > 1:1149875/1‑150 (MQ=255) tCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCa > 3:409318/1‑150 (MQ=255) gATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAtt > 4:261162/1‑137 (MQ=255) gATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGAtt < 3:261162/137‑1 (MQ=255) aTCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtcttc > 4:36013/1‑150 (MQ=255) aTCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtcttc < 4:650362/150‑1 (MQ=255) tCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcagca < 4:174203/124‑1 (MQ=255) tCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACcagca > 3:174203/1‑124 (MQ=255) aTTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTcc < 1:319328/150‑1 (MQ=255) tgtgCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtcttc > 2:287848/1‑144 (MQ=255) tgtgCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtcttc < 1:287848/144‑1 (MQ=255) tgCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCgaat < 3:219917/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCgaatga > 1:748542/1‑150 (MQ=255) cGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGGGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCgaatgaa > 1:767658/1‑150 (MQ=255) tttCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAAc > 2:966949/1‑55 (MQ=255) tttCGATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAAc < 1:966949/55‑1 (MQ=255) gATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCgg > 3:268020/1‑150 (MQ=255) gATGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCgg > 2:1104047/1‑150 (MQ=255) aTGACCAGCTTGTACAGGTTGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGc > 2:109297/1‑86 (MQ=255) aTGACCAGCTTGTACAGGTTGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGc < 1:109297/86‑1 (MQ=255) tGACCAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGca < 4:268020/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCaa > 4:113690/1‑44 (MQ=255) cAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCaa < 3:113690/44‑1 (MQ=255) cAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtct < 4:615882/115‑1 (MQ=255) cAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCAtct > 3:615882/1‑115 (MQ=255) cAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATa > 2:438963/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATa > 3:226333/1‑150 (MQ=255) aGCTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATaa < 2:321180/150‑1 (MQ=255) cTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCg > 1:414520/1‑140 (MQ=255) cTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCg < 2:414520/140‑1 (MQ=255) cTTGTACAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAAcc < 2:748542/150‑1 (MQ=255) | CTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGCGTCGACCAGCAGACGGCCGATTGGGCGCTCATCTTCTTCCGAATGAATTCGGGTAGAAGCCGGCACATAACC > NC_000913_3_pae_tpiA/3440288‑3440579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |