| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,604,632 | C→A | A186E (GCA→GAA) | bglJ → | bgl operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,604,632 | 0 | C | A | 97.4% | 120.7 / ‑4.1 | 39 | coding (557/678 nt) | bglJ | bgl operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (18/20); minor base . (1/0); total (19/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGT > NC_000913_3_pae_tpiA/4604493‑4604770 | cgacTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGAAGGATAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAAttt > 1:322129/1‑150 (MQ=255) acTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGATCATAAATTTaa < 1:375788/150‑1 (MQ=255) tGAACTATAAGTGGTACATTAACCAAAGGCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGTGAAATATTGCGCTTTATGTCGGGTGGCTACTGAATGACACAAATTGCCGAGCAGGTTAAACGCAGTATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAAtg < 2:562858/150‑1 (MQ=255) 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catcTTAAACGCAATATTAAAACGATCCTTGAAGATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCGGACGCAGGGTTGGTGGATGCCGCAGATATTCGGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATTTGGTGCTTCCCTAt < 2:373255/147‑1 (MQ=255) ttAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAAt > 1:110033/1‑150 (MQ=255) atCAAAACGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGc > 1:224286/1‑150 (MQ=255) aacaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACACGTAATGTATTGCATACCTCTTAATCCGCATGATGCCgg > 2:557082/4‑150 (MQ=255) aaaCGATCCGTGAACATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCATCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGTAGGGCGCAGATATTCTGTTATCTATGCCGCATTGCGAAACAAGTACTGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGTTGCCggg > 2:219952/1‑150 (MQ=255) aaCGAGCGGTGAACATAAATTTAATGGGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGt < 2:89086/150‑1 (MQ=255) | CGACTGAACAATCAGTGGTACATTAACCAAAGCCGGACGTTAAGCCCGACGGAGAGAGAAATATTGCGCTTTATGTCGCGTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGT‑CGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTGTTATGTATGCGGCATTGCGAAACAAGTAATGTGTTGCATCCCTATTAATCCGCATGATGCCGGGT > NC_000913_3_pae_tpiA/4604493‑4604770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |