| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,037,225 | 0 | A | . | 25.0% | 20.9 / 10.4 | 18 | intergenic (+8/‑35) | ileT/alaT | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/8); new base . (0/4); total (6/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAG > NC_000913_3_pae_tpiA/4037077‑4037241 | aaaGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa < 2:420249/149‑1 (MQ=34)aaaGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa < 1:190865/149‑1 (MQ=34)aaaGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa < 2:604511/149‑1 (MQ=35) aagaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCAc < 1:807963/149‑1 (MQ=34) agaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg < 1:143943/149‑1 (MQ=34) gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa < 2:982175/146‑1 (MQ=34) gaagCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCa > 1:982175/1‑146 (MQ=35) cGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCGGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCaaa < 2:130672/149‑1 (MQ=21) tCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTTATGAAAATGAGCAGTAAAGCCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAAttt < 1:243187/149‑1 (MQ=17) cTTTGAGGTGCTAACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCCTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 1:990274/149‑1 (MQ=11) cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 1:617716/149‑1 (MQ=12) cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTg < 2:14662/149‑1 (MQ=255) cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGATTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAGGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCCG‑GCAAATTTg > 2:291221/1‑149 (MQ=12) cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGCCTGATTAAAATCAGCAGTAAAACCTTGACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTg < 2:372901/149‑1 (MQ=11) tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGa > 1:621929/1‑149 (MQ=32) tttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCAACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGa > 1:907299/1‑149 (MQ=17) tttGAAGTGCTCACACAGATAGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGCGGTAGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATATGa > 2:995452/1‑149 (MQ=255) tttaaGTGATCACACAGTTTGTCTGATGAAAATGAACAGTAAACCCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCCAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAACATTGaa < 2:13998/146‑1 (MQ=11) ttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATTAGCAGAAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCCGGAGGTTAGAGCGCACCCCTGATACGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCCGATTGGaa > 2:835097/1‑149 (MQ=11) ttGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGaa < 1:18523/149‑1 (MQ=32) tGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGC‑CGTGCAAATTTggta < 2:942052/149‑4 (MQ=255) gAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACCGGCTTGTAGCTCAGGTGATTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCCCG‑GCACAttgcaggt > 2:726747/1‑143 (MQ=11) aaGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTTAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAagag < 1:373728/149‑1 (MQ=11) | AAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAG > NC_000913_3_pae_tpiA/4037077‑4037241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |