| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_tpiA | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_tpiA | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 33 [0] | [0] 33 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_tpiA | = 1299498 | 0 (0.000) | 32 (1.130) | 31/274 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_pae_tpiA | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTC > NC_000913_3_pae_tpiA/1300557‑1300841 | attactgttaggtatatggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat < 2:49677‑M2/8‑1 (MQ=255) ttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt > 1:363098‑M2/135‑149 (MQ=255) ttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgacattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt > 1:404940‑M2/135‑149 (MQ=255) agttataaggatttacttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgagcttgctgaagaataattttaatgatattattaattctactgcctttggtacaggaaattgctaaATAATACTCAATTGTTa > 2:338576‑M2/133‑149 (MQ=255) ttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa < 2:408731‑M2/19‑1 (MQ=255) ttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatgctgggcttgctgaagaataagtgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATATCGAATTGTTGAATTATTGTGCattta > 1:465538‑M2/117‑148 (MQ=255) ctgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta > 2:112517‑M2/113‑149 (MQ=255) gcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 2:165264‑M2/111‑149 (MQ=255) cttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg < 2:473174‑M2/40‑1 (MQ=255) ctatcatgttgttttcgtccaatcattatcctgggcttggtggataagaattgaagtgatagtattaattccactgcctttggtagaggaaagtgttaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt < 2:313360‑M2/50‑1 (MQ=255) catgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 2:48377‑M2/96‑149 (MQ=255) atgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:199180‑M2/95‑149 (MQ=255) tattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa < 1:425201‑M2/59‑1 (MQ=255) cacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgcaaaATAATAATCATTTGGTAAATTAGTGTGCAGTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc < 2:189522‑M2/68‑1 (MQ=255) tcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAg < 1:165264‑M2/72‑1 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAtt < 2:357027‑M2/84‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTATGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgatt > 2:512142‑M2/61‑149 (MQ=255) aagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTCTGACAAAGATTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa > 1:120559‑M2/58‑149 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattcaactgcatttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAACGATAGACATGCCTAGCCAATCTCTATTTgattgaata > 2:279308‑M2/56‑148 (MQ=255) aaatgatattattaattccactgcctttggcgggcgggagttctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATGGAAAGAtgt > 1:383525‑M2/47‑149 (MQ=255) tgctattattaattcaactgtctttgcgagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGTATTTCAGTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAGTCTCTATTTTATTGAATTGAAAGAtgtttg < 2:300724‑M2/106‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTGATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAACAAtgtttgt > 2:474850‑M2/43‑149 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCAt < 1:279308‑M2/115‑1 (MQ=255) aattccagtgccttgtgtagagggaagtggtaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGTAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGATTAGCAAATGTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATg < 2:159759‑M2/116‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTTCCTTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAAACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTAAATTGAAAGATGTTTTTTAAGGCATgg > 1:454411‑M2/33‑149 (MQ=255) ctccattgcctgtggtagatgaaagtgttaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTTATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGa < 2:155518‑M2/118‑1 (MQ=255) cactgcctttggttgaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGc < 2:129644‑M2/121‑1 (MQ=255) tgcctttggtagatgaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACAGGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAg < 1:100544‑M2/124‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCtat < 1:112517‑M2/128‑1 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATTCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGTCATGGATGCAAGCTATATAtt > 2:206694‑M2/17‑149 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCCCTATTTGAATTACTTGAACGATGTTCGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGattt > 1:327408‑M2/16‑148 (MQ=255) ggaaagtgtgaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGa < 2:174280‑M2/137‑1 (MQ=255) tctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTc < 2:363098‑M2/144‑1 (MQ=255) | ATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTC > NC_000913_3_pae_tpiA/1300557‑1300841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |