| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 113,252 | C→T | 10.0% | R112H (CGC→CAC) | hofB ← | T2SE secretion family protein; P‑loop ATPase superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 113,252 | 0 | C | T | 10.0% | 124.4 / 5.3 | 40 | R112H (CGC→CAC) | hofB | T2SE secretion family protein; P‑loop ATPase superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/15); new base T (2/2); total (23/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
AATTGCCCGTCCTGCGGCAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGAACAGCTACGGGC > CP009273/113120‑113377 | aaTTGCCCGTCCTGCGGCAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCg > 2:377433/1‑140 (MQ=255) cccGTCCTGCGGCAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAgg > 1:370484/1‑140 (MQ=255) cGTCCTGCGGGAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGATTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCa < 1:172865/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGCGGCAGGCGATGTTCCGCAATAGCCAGGGTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCa < 1:16043/140‑1 (MQ=255) ggCAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGc > 2:436693/1‑140 (MQ=255) ggCAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATAGTcctc > 2:603525/1‑138 (MQ=255) ggCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGTGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGt > 1:307952/1‑140 (MQ=255) ggCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGTGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGt > 1:421155/1‑140 (MQ=255) ggCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGt > 1:297940/1‑140 (MQ=255) ggCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAACCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGt > 1:431906/1‑140 (MQ=255) cGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTc < 1:377433/140‑1 (MQ=255) gTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGata < 1:172321/140‑1 (MQ=255) gTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGata < 1:478972/140‑1 (MQ=255) gCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAat > 2:36477/1‑140 (MQ=255) gCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAat > 2:434439/1‑140 (MQ=255) tCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGa > 2:153577/1‑140 (MQ=255) tCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGa > 2:67695/1‑140 (MQ=255) tCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGa > 2:547433/1‑140 (MQ=255) tCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGa > 2:58532/1‑140 (MQ=255) ccAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCgttgt > 1:445202/1‑140 (MQ=255) ccAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAAAGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGAAATACGCCGTCCATACGCAAGCTCATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCgttgt > 1:185974/1‑140 (MQ=255) gCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGAcg > 2:69279/1‑115 (MQ=255) gCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGAcg < 1:69279/115‑1 (MQ=255) gCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTaa > 2:336242/1‑140 (MQ=255) aCTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAg < 1:319197/140‑1 (MQ=255) aCTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAg < 1:490814/140‑1 (MQ=255) ggCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGTGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAAct < 2:307952/140‑1 (MQ=255) ggCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGTGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAAct < 2:421155/140‑1 (MQ=255) ggCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAAct < 2:297940/140‑1 (MQ=255) ggCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAAct < 2:431906/140‑1 (MQ=255) gCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTTTCCGCTGGTTCGATCTGAATCTCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATGGTAACGTTCGAGTTAGCACctc > 2:211887/1‑140 (MQ=255) gCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAActc > 2:198742/1‑140 (MQ=255) cGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCtt < 2:370484/140‑1 (MQ=255) cGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCTCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCt > 1:154466/1‑140 (MQ=255) cGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCt > 1:163283/1‑140 (MQ=255) aTGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGaa < 1:510471/140‑1 (MQ=255) aaTACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGAAAAga > 1:517942/1‑139 (MQ=255) cGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGAACAGCTACGGGc < 1:434439/140‑1 (MQ=255) cGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGAACAGCTACGGGc < 1:36477/140‑1 (MQ=255) cGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGAACAGCTACGGGc < 1:336242/140‑1 (MQ=255) | AATTGCCCGTCCTGCGGCAGGCGATGTTCCGCAATATCCAGGTTTCCCAGCACTTTTAATCTGGCGGTTAATGCGACTCCGGCATCCGGTGAAACATCCGGTAAAGGATGCAATACGCCGTCGATACGCAAGCGGATGCGGTAGGCATTGTCCGCTGGTTCGATATGAATATCAGACGCGCGTTGTTCCAGCGCAGATTGTAACGTTCGAGTTAGCAACTCTGCTTTGGGCTGATGCTTCTCCTGAACAGCTACGGGC > CP009273/113120‑113377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |