Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	1,299,534	T→C	F2L (TTT→CTT)	insH21 →	IS5 transposase and trans‑activator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	1,299,534	0	T	C	100.0%	34.9 / NA	11	F2L (TTT→CTT)	insH21	IS5 transposase and trans‑activator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (7/4);  total (7/4)

TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT  >  NC_000913/1299461‑1299565                                                                          |                                ttattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCAt                          <  1:240930/81‑1 (MQ=255)     taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTg                       >  2:240950/1‑80 (MQ=255)      aaTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTgg                      <  2:240931/80‑1 (MQ=255)          ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCa                 >  2:240947/1‑81 (MQ=255)          ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCa                 >  2:240952/1‑81 (MQ=255)            aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCa                 >  2:240951/1‑79 (MQ=255)              tGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCATAg              >  1:240958/1‑80 (MQ=255)                ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCATAGAAc           <  2:240932/81‑1 (MQ=255)                    tGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAg         <  2:240933/79‑1 (MQ=255)                       tAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCCGGAGCCATAGAACAGGGtt     >  2:240960/1‑80 (MQ=255)                         gagGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGCTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTtcat  >  2:240969/1‑81 (MQ=255)                                                                          |                                TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT  >  NC_000913/1299461‑1299565

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑