| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,795,757 | G→C | A277P (GCG→CCG) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,795,757 | 0 | G | C | 96.9% | 108.8 / NA | 32 | A277P (GCG→CCG) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (17/14); minor base A (0/1); total (17/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGC > NC_000913/3795680‑3795833 | aGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTgcgccgg < 1:701603/81‑1 (MQ=255)aGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTgcgccgg > 1:701639/1‑81 (MQ=255) gCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTgcgccggc < 1:701604/81‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGgcgc > 1:701638/1‑81 (MQ=255) gATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCt < 2:701605/80‑1 (MQ=255) tCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCaa > 1:701665/1‑81 (MQ=255) cGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAACCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTc < 2:701606/81‑1 (MQ=255) tATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCt > 1:701646/1‑81 (MQ=255) cTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGtt > 1:701640/1‑81 (MQ=255) gATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGc > 1:701653/1‑81 (MQ=255) aTTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGcc > 2:701636/1‑81 (MQ=255) ttGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGccc > 1:701649/1‑81 (MQ=255) gCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCt < 2:701607/80‑1 (MQ=255) cAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGt < 1:701608/81‑1 (MQ=255) aGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTa > 2:701652/1‑81 (MQ=255) gCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTAt < 2:701610/81‑1 (MQ=255) gCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTAt < 1:701609/81‑1 (MQ=255) ccTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATg < 1:701612/81‑1 (MQ=255) ccTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATg < 1:701611/81‑1 (MQ=255) aGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAg < 1:701613/81‑1 (MQ=255) gCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGt < 1:701614/81‑1 (MQ=255) ccATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAg > 1:701648/1‑79 (MQ=255) tGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGccc > 1:701643/1‑81 (MQ=255) gTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGccc < 1:701615/80‑1 (MQ=255) tCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCg > 2:701657/1‑80 (MQ=255) cTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACt < 2:701616/81‑1 (MQ=255) gATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTcaca > 2:701670/1‑81 (MQ=255) ttCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAcc < 2:701617/81‑1 (MQ=255) tCTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccg > 2:701654/1‑81 (MQ=255) cTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccgc > 1:701658/1‑81 (MQ=255) cTGGCCTGATGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccgc > 1:701644/1‑81 (MQ=255) ccTGATGGATGTTGCGACGGCGCTGAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTACGAGTAGCCAGGACTTCACAccgccgat < 2:876618/81‑3 (MQ=255) aTGCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTAt < 1:701618/79‑1 (MQ=255) gCATGTTGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCa > 2:701663/1‑81 (MQ=255) tGCGCCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAgc > 2:701667/1‑81 (MQ=255) | AGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGC > NC_000913/3795680‑3795833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |