Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	728,969	Δ1 bp	intergenic (‑148/‑165)	kdpF ← / → ybfA	K(+) transporting P‑type ATPase subunit KdpF/DUF2517 domain‑containing protein YbfA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	728,966	0	T	.	100.0%	64.2 / NA	16	intergenic (‑145/‑168)	kdpF/ybfA	K(+) transporting P‑type ATPase subunit KdpF/DUF2517 domain‑containing protein YbfA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base . (10/6);  total (10/6)

GGGCGGGGTGTAAAAAAAGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAACTTTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAGCAAAAATAAGTGGTCGGAT  >  NC_000913/728896‑729032                                                                       |                                                                   gggcgggGTGTAAAAAAAGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACt                                                         <  1:141123/81‑1 (MQ=255)  ggcgggGTGTAAAAAAAGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACtt                                                        <  1:356252/81‑1 (MQ=255)          gtAAAAAAAGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGCATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAg                                                >  2:141142/1‑81 (MQ=255)              aaaaaGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGAt                                             >  1:141139/1‑80 (MQ=255)              aaaaaGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGAt                                             >  2:141150/1‑80 (MQ=255)              aaaaaGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATg                                            <  2:141124/81‑1 (MQ=255)               aaaaGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATg                                            >  2:141153/1‑80 (MQ=255)               aaaaGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGa                                           <  2:141125/81‑1 (MQ=255)                     ataAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGta                                      >  1:141147/1‑80 (MQ=255)                     ataAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGta                                      >  1:141154/1‑80 (MQ=255)                       aaaaaTGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGtaaa                                    >  2:141141/1‑80 (MQ=255)                                     ccATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAg                     >  2:141157/1‑81 (MQ=255)                                       aTGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAGc                    >  2:141155/1‑80 (MQ=255)                                                   aTGTTTAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAGCAAAAATAAGTgg        <  1:141126/80‑1 (MQ=255)                                                        tAGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAGCAAAAATAAGTGGTCGGAt  >  2:141149/1‑81 (MQ=255)                                                         aGTATTAATTTAAC‑TTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAGCAAAAATAAGTGGTCGGAt  <  1:141127/80‑1 (MQ=255)                                                                       |                                                                   GGGCGGGGTGTAAAAAAAGTATAAAAATGGCAAAAGCCATGATTTAACTAATGTTTAGTATTAATTTAACTTTTGTGTAACTTAATTACAGGATGAATGTAAATAAACCATCAATAAGCAAAAATAAGTGGTCGGAT  >  NC_000913/728896‑729032

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑