Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,797,159 | (A)6→5 | coding (212/1260 nt) | waaL → | O‑antigen ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,797,154 | 0 | A | . | 100.0% | 32.7 / NA | 9 | coding (207/1260 nt) | waaL | O‑antigen ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (5/4); total (5/4) |
CATAAAAATATATAATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATATAAAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAG > NC_000913/3797076‑3797227 | cATAAAAATATATAATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATtataatataa > 2:679824/1‑80 (MQ=255) tatataATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTAt > 2:679836/1‑81 (MQ=255) tataATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTAttc < 2:679814/81‑1 (MQ=255) gTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATAttt < 1:679816/80‑1 (MQ=255) gTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATAttt < 1:679817/80‑1 (MQ=255) tGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTa < 1:679818/80‑1 (MQ=255) aTTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGgc > 2:679833/1‑81 (MQ=255) aaTTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGAt > 1:679833/1‑81 (MQ=255) aaGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGTTTTAATTTGGTATTCTGc > 1:679845/1‑81 (MQ=255) aaaTTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGtt > 1:679836/1‑80 (MQ=255) ataatat‑aaAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAg < 1:679819/80‑1 (MQ=255) aatat‑aaAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAg > 1:679841/1‑78 (MQ=255) | CATAAAAATATATAATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATATAAAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAG > NC_000913/3797076‑3797227 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |