Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,960,055	Δ1 bp	pseudogene (406/449 nt)	yifN ←	putative toxin YifN

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,960,053	0	C	.	100.0%	121.2 / NA	29	pseudogene (408/449 nt)	yifN	putative toxin YifN
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (21/8);  total (21/8)

GGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT  >  NC_000913/3959975‑3960129                                                                               |                                                                             ggCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcct                                                                            <  1:723440/81‑2 (MQ=255)   cTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcctct                                                                          <  1:723441/81‑4 (MQ=255)        aaGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATg                                                                    >  1:723494/1‑81 (MQ=255)          gTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTc                                                                  >  1:723474/1‑81 (MQ=255)          gTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTc                                                                  >  1:723492/1‑81 (MQ=255)           tCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCt                                                                 <  2:723442/81‑1 (MQ=255)            cATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTg                                                                >  1:723478/1‑81 (MQ=255)                 tCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaac                                                            >  2:723494/1‑80 (MQ=255)                 tCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaac                                                            >  2:723476/1‑80 (MQ=255)                   ggggATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaaccaa                                                         <  1:723445/81‑1 (MQ=255)                   ggggATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaacca                                                          <  1:723444/80‑1 (MQ=255)                    gggATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaaccaac                                                        >  2:723496/1‑81 (MQ=255)                        tGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAt                                                    >  1:723480/1‑81 (MQ=255)                         ggTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAtg                                                   >  1:723491/1‑81 (MQ=255)                              ttttattGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGc                                               >  1:723479/1‑80 (MQ=255)                                ttattGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCaaa                                            >  2:723489/1‑81 (MQ=255)                                   ttGTCAATTTATGAGCGATATGGTATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACAt                                         <  1:723446/81‑1 (MQ=255)                                    tGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACAtt                                        >  1:723513/1‑81 (MQ=255)                                       cAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGAt                                     >  2:723500/1‑81 (MQ=255)                                        aaTTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGAtt                                    <  2:723446/81‑1 (MQ=255)                                               gAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAc                             >  1:723487/1‑81 (MQ=255)                                                      atGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTg                       >  2:723508/1‑80 (MQ=255)                                                         gCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAg                   <  2:723447/81‑1 (MQ=255)                                                           attgattgACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTc                 >  2:723499/1‑81 (MQ=255)                                                              gattgaCTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCtt              >  1:723488/1‑81 (MQ=255)                                                              gattgaCTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCtt              >  2:723492/1‑81 (MQ=255)                                                               attgaCTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCtt              <  1:723449/80‑1 (MQ=255)                                                                       gatgaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGtt      >  2:723510/1‑80 (MQ=255)                                                                        atgaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTa    <  1:723450/81‑1 (MQ=255)                                                                          gaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAt  >  1:723510/1‑81 (MQ=255)                                                                          gaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAt  >  2:723498/1‑81 (MQ=255)                                                                               |                                                                             GGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT  >  NC_000913/3959975‑3960129

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑