| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,457,853 | Δ1 bp | coding (13/552 nt) | yjgA ← | DUF615 domain‑containing protein YjgA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,457,851 | 0 | G | . | 97.4% | 151.2 / ‑2.9 | 38 | coding (15/552 nt) | yjgA | DUF615 domain‑containing protein YjgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (22/15); minor base T (1/0); total (23/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTCACTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTCGGGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACGGTT > NC_000913/4457772‑4457926 | tttCACTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTCgg > 2:852279/1‑81 (MQ=255) cACTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCTCCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTCggctg > 2:852264/1‑78 (MQ=255) cACTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTCggct < 1:852224/80‑3 (MQ=255) cTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑Ggctgct < 1:852225/81‑1 (MQ=255) cTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑Ggctgct < 2:852225/81‑1 (MQ=255) ttACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCtt < 1:852227/79‑1 (MQ=255) tACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAg < 2:852227/80‑1 (MQ=255) aCTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGt > 2:852284/1‑80 (MQ=255) cTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCa > 1:852277/1‑81 (MQ=255) cTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCa > 1:852292/1‑81 (MQ=255) gACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCAtc > 1:852282/1‑81 (MQ=255) cccAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCAtctc < 1:852229/81‑1 (MQ=255) cAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAg > 2:852287/1‑81 (MQ=255) gATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGc < 1:852230/81‑1 (MQ=255) tttCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCt > 1:852272/1‑80 (MQ=255) aTCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTaaa > 2:852302/1‑80 (MQ=255) cgtcttcgtcttCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTaaaaa > 2:852305/1‑80 (MQ=255) cgtcttcgATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAagag < 1:852231/79‑1 (MQ=255) cgtcttcgATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGc > 1:852289/1‑81 (MQ=255) cttcgATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTT‑TGGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTaa > 1:852293/1‑81 (MQ=255) tcgATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTATAAAAAGAGGCTAATg > 2:852286/1‑81 (MQ=255) cgATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATg < 2:852231/80‑1 (MQ=255) atcaCCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAg < 1:852233/80‑1 (MQ=255) atcaCCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGt > 1:852290/1‑81 (MQ=255) aCCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGtt > 2:852295/1‑79 (MQ=255) aCCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTa < 1:852234/80‑1 (MQ=255) ccGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAg < 2:852234/81‑1 (MQ=255) gggAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGAt > 1:852284/1‑81 (MQ=255) gggAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGAt < 1:852236/81‑1 (MQ=255) gAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATgc < 2:852236/81‑1 (MQ=255) gAACGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATgc > 2:852298/1‑81 (MQ=255) aCGTCGTCGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATgcg > 1:852286/1‑80 (MQ=255) gtcgtcGAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCAc > 1:852295/1‑81 (MQ=255) gtcgAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTg > 2:852301/1‑80 (MQ=255) tcgAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGa > 1:852294/1‑80 (MQ=255) gAGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGaaa > 2:852299/1‑80 (MQ=255) aGCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGaaaaa < 2:852237/81‑1 (MQ=255) gCCAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAAc > 1:852304/1‑81 (MQ=255) ccAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACg < 1:852239/81‑1 (MQ=255) ccAGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACg < 1:852240/81‑1 (MQ=255) aGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACGGt > 1:852307/1‑81 (MQ=255) aGTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACGGt > 2:852304/1‑81 (MQ=255) gTCTTC‑GGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACGGtt < 2:852240/81‑1 (MQ=255) | TTTCACTTTTACTGACCCAGATAATTTCATCGTCTTCGTCTTCGATGTCATCACCGGGAACGTCGTCGAGCCAGTCTTCGGGCTGCTTAGTCATCTCAGGCTCCTTAAAAAAAGAGGCTAATGTTACCAGTTAAGATGCGCACTGAAAAACGGTT > NC_000913/4457772‑4457926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |