Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,341,740 | (A)8→9 | intergenic (+13/‑181) | lapB → / → pyrF | lipopolysaccharide assembly protein B/orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,341,732 | 1 | . | A | 100.0% | 42.8 / NA | 13 | intergenic (+5/‑189) | lapB/pyrF | lipopolysaccharide assembly protein B/orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base A (5/8); total (5/8) |
TTGTCGGGCCTGGTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTT‑AAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAACGACGGCGCAGAAA > NC_000913/1341676‑1341807 | ttGTCGGGCCTGGTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTa > 1:234424/1‑80 (MQ=255) gTCGGGCCTGGTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTa < 1:234397/78‑1 (MQ=255) gCCTGGTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATAc < 1:234398/81‑1 (MQ=255) tGGTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTaa > 2:234421/1‑81 (MQ=255) ggTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAat > 1:234418/1‑81 (MQ=255) aTTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATg > 2:234422/1‑81 (MQ=255) aaCCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTcc < 2:234400/81‑1 (MQ=255) aaCCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTc < 1:234399/80‑1 (MQ=255) ttCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATtgtg < 2:234401/81‑1 (MQ=255) gATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCa < 2:234403/78‑1 (MQ=255) gATGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAac < 2:234402/80‑1 (MQ=255) tGGCCTGTAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAacgac > 1:234430/1‑81 (MQ=255) tAATTTTTAAAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAACGACGGCGCAg < 2:234404/81‑1 (MQ=255) ttttta‑AAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAACGACGGCGCAGaaa < 1:234405/80‑1 (MQ=255) ttta‑AAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAACGACGGCGCAGaaa > 2:234433/1‑79 (MQ=255) | TTGTCGGGCCTGGTCAACCATTAAACCGATTCGCGGTCTTGATGGCCTGTAATTTTT‑AAAAAAAATCCGACTTTAGTTACAACATACTAATTATTAATGTTCCATTGTGCTCCGGCAACGACGGCGCAGAAA > NC_000913/1341676‑1341807 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |