| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,776,553 | (T)5→6 | intergenic (‑173/‑112) | yibT ← / → yibL | protein YibT/DUF2810 domain‑containing protein YibL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,776,548 | 1 | . | T | 92.6% | 87.3 / 0.3 | 27 | intergenic (‑168/‑117) | yibT/yibL | protein YibT/DUF2810 domain‑containing protein YibL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (11/14); total (12/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGAATCCTCAATAATCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑G‑TT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTCGCGC > NC_000913/3776470‑3776623 | gCTGAATCCTCAATAATCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑G‑tt > 2:674305/1‑81 (MQ=255) cTGAATCCTCAATAATCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑G‑tt < 1:674267/80‑1 (MQ=255) aaTCCTCAATAATCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑G‑tt‑ttt < 1:674268/80‑1 (MQ=255) tCAATAATCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCa > 2:674298/1‑81 (MQ=255) aataatCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTATTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCAt < 2:674269/80‑1 (MQ=255) ataatCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGt < 1:674271/81‑1 (MQ=255) atcttcCGCTGCTGTTTATTATCTTAGTTCGAGAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCATT‑TT‑TTTGAGCATGTTaa < 2:674271/81‑1 (MQ=255) atcCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATg < 2:674272/80‑1 (MQ=255) cGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTa < 1:674274/81‑1 (MQ=255) ctgTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGtt < 1:674275/80‑1 (MQ=255) ctgTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGtt < 1:674276/80‑1 (MQ=255) tgTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTAc < 2:674276/81‑1 (MQ=255) tttATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAg < 2:674277/81‑1 (MQ=255) cTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTa > 1:674301/1‑81 (MQ=255) ttttttCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTa > 2:674295/1‑80 (MQ=255) ttttCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTAc < 2:674278/79‑1 (MQ=255) taGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCAt > 2:674302/1‑80 (MQ=255) aattaatCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGaa > 2:674303/1‑80 (MQ=255) ttaatCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACaa < 2:674279/81‑1 (MQ=255) aatCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACaaa < 2:674280/80‑1 (MQ=255) aatCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACaaa < 2:674281/80‑1 (MQ=255) atCAACGAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAg > 1:674302/1‑80 (MQ=255) gAATTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTgg > 2:674308/1‑81 (MQ=255) gAATTGCGCA‑G‑TTATTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTgg > 2:674282/1‑81 (MQ=255) aaTTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGt < 1:674284/81‑1 (MQ=255) aTTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTc > 2:674331/1‑81 (MQ=255) aTTGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTc > 2:674326/1‑81 (MQ=255) tGCGCA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTcgc > 1:674308/1‑81 (MQ=255) cgcA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTcgcg > 1:674305/1‑80 (MQ=255) cgcA‑GTTT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTCgcgc < 2:674284/81‑1 (MQ=255) | GCTGAATCCTCAATAATCATCCGCTGCTGTTTATTATCTTTTTTCTATAGATTTCTTAATTAATCAACGAATTGCGCA‑G‑TT‑TTTGAGCATGTTAATGATTACGTTACAGAACTATTACAATGTCATTAGTTGTGAACAAAGCACCTGGTCGCGC > NC_000913/3776470‑3776623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |