Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	204,263	C→T	L306L (CTG→TTG)	lpxB →	lipid A disaccharide synthase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	204,263	0	C	T	100.0%	120.2 / NA	34	L306L (CTG→TTG)	lpxB	lipid A disaccharide synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (15/19);  total (15/19)

GTATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTCAAAGAATTATTG  >  NC_000913/204192‑204331                                                                        |                                                                     gtATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGaaaa                                                             >  1:44059/1‑81 (MQ=255)   aTGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACt                                                           >  1:44054/1‑81 (MQ=255)      cTGGCGAAATGACCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGAt                                                        <  2:44015/81‑1 (MQ=255)          cGAAATGCCCGATGGTGGTGGGTTATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATg                                                    <  2:44016/81‑1 (MQ=255)            aaaTGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGtc                                                  <  1:44018/81‑1 (MQ=255)            aaaTGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGtc                                                  <  2:44017/81‑1 (MQ=255)             aaTGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGtct                                                 <  2:44019/81‑1 (MQ=255)              aTGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGtctc                                                <  1:44022/81‑1 (MQ=255)              aTGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGtctc                                                <  2:44021/81‑1 (MQ=255)              aTGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGtctc                                                <  2:44020/81‑1 (MQ=255)                 cccGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCt                                             <  1:44024/81‑1 (MQ=255)                 cccGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCt                                             <  1:44023/81‑1 (MQ=255)                  ccGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTg                                            >  2:44062/1‑81 (MQ=255)                   cGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGc                                           <  1:44025/81‑1 (MQ=255)                    gATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGcc                                          <  2:44026/81‑1 (MQ=255)                        gtggtggGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt                                      <  1:44028/81‑1 (MQ=255)                        gtggtggGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAAt                                      <  2:44027/81‑1 (MQ=255)                          ggtggGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATct                                    >  1:44063/1‑81 (MQ=255)                           gtggGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATctg                                   >  2:44077/1‑81 (MQ=255)                           gtggGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATctg                                   <  2:44029/81‑1 (MQ=255)                                     gCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGc                          <  2:44030/80‑1 (MQ=255)                                       aTGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCaga                       <  2:44031/81‑1 (MQ=255)                                       aTGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCa                         >  1:407178/1‑79 (MQ=255)                                       aTGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCa                         >  2:44049/1‑79 (MQ=255)                                        tGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCagag                      <  2:44032/81‑1 (MQ=255)                                         gAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCaga                       >  1:44061/1‑79 (MQ=255)                                         gAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCaga                       >  2:44068/1‑79 (MQ=255)                                            gCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGt                   >  2:44065/1‑80 (MQ=255)                                               ttttACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGt               >  2:44076/1‑81 (MQ=255)                                                 ttACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTc              >  1:44071/1‑80 (MQ=255)                                                    ccTTCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTCaaa           <  1:44033/80‑1 (MQ=255)                                                       tCTGGTTGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTCAAAGAat       >  1:44070/1‑81 (MQ=255)                                                             tGGCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTCAAAGAATTATTg  >  1:44069/1‑80 (MQ=255)                                                              ggCGAAGCGGTTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTCAAAGAATTATTg  >  2:44074/1‑79 (MQ=255)                                                                        |                                                                     GTATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAACTGATTATGTCTCGCTGCCAAATCTGCTGGCGGGCAGAGAGTTAGTCAAAGAATTATTG  >  NC_000913/204192‑204331

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑