| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 913,852 | Δ1 bp | intergenic (‑38/+106) | hcp ← / ← lysO | protein S‑nitrosylase/L‑lysine exporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 913,850 | 0 | T | . | 100.0% | 76.5 / NA | 19 | intergenic (‑36/+108) | hcp/lysO | protein S‑nitrosylase/L‑lysine exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (5/14); total (5/14) | |||||||||||
CCTGCCGGAGTACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAAT > NC_000913/913771‑913925 | ccTGCCGGAGTACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCATACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGt > 2:190146/1‑80 (MQ=255) cTGCCGGAGTACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGtt < 2:190118/80‑1 (MQ=255) ccGGAGTACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGttaag < 1:190119/80‑4 (MQ=255) aGTACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTaa < 1:190120/81‑1 (MQ=255) cGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACg < 2:190121/81‑1 (MQ=255) tAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTa < 2:190122/81‑1 (MQ=255) gTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAAc < 2:190123/81‑1 (MQ=255) gTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAAc < 1:190124/81‑1 (MQ=255) cacaTTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCgggg < 1:190125/80‑1 (MQ=255) acaTTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGAt < 2:190126/81‑1 (MQ=255) ttGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATaa > 1:190143/1‑80 (MQ=255) gCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAg > 2:190149/1‑81 (MQ=255) cacacaAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAg < 2:190127/80‑1 (MQ=255) acacaAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAggg < 2:190128/81‑1 (MQ=255) cacaAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGa < 1:190129/81‑1 (MQ=255) cATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCa > 2:190153/1‑81 (MQ=255) acacCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAAc < 2:190130/80‑1 (MQ=255) ttAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAg < 2:190131/79‑1 (MQ=255) tatTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAgattgatt < 1:190132/81‑1 (MQ=255) atTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAgattgatt > 2:190152/1‑80 (MQ=255) tAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAgc > 2:190154/1‑81 (MQ=255) taCATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAAt < 1:190133/81‑1 (MQ=255) | CCTGCCGGAGTACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAAT > NC_000913/913771‑913925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |