| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,185,626 | Δ1 bp | intergenic (‑32/‑218) | potA ← / → pepT | spermidine preferential ABC transporter ATP binding subunit/peptidase T |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,185,623 | 0 | G | . | 92.3% | 90.9 / 2.2 | 26 | intergenic (‑29/‑221) | potA/pepT | spermidine preferential ABC transporter ATP binding subunit/peptidase T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base . (8/16); total (8/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGTGAAAGCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGCGGGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTGAATCGCCAATC > NC_000913/1185547‑1185698 | cGGTGAAAGCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGCgggtt < 2:236217/81‑3 (MQ=255) ggTGAAAGCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGCGGGttt < 2:236218/81‑1 (MQ=255) gTGAAAGCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGCGGGtttg < 2:236219/81‑2 (MQ=255) aaaGCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTgg > 2:236255/1‑81 (MQ=255) gCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGtt > 1:236265/1‑80 (MQ=255) cTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAaccac < 2:236220/81‑1 (MQ=255) aaTTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTa < 1:236221/80‑1 (MQ=255) ttttttACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATg < 1:236222/81‑1 (MQ=255) ttttttACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATg < 1:236223/81‑1 (MQ=255) tCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTa < 2:236224/78‑1 (MQ=255) cATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTa < 1:236225/81‑1 (MQ=255) aTGTAAACGCAACGGAAGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTAc < 1:236226/81‑1 (MQ=255) gTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACgg > 2:236263/1‑81 (MQ=255) aaCGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACggta > 2:236260/1‑78 (MQ=255) aaCGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCaa < 2:236228/81‑1 (MQ=255) aaCGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCa < 1:236227/80‑1 (MQ=255) aaCGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCa > 2:236253/1‑80 (MQ=255) aaCGCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCa > 1:236257/1‑80 (MQ=255) gCAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAAcc < 1:236229/81‑1 (MQ=255) cAACGGATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCg < 2:236230/81‑1 (MQ=255) ggATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTg < 1:236231/81‑1 (MQ=255) ggATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTg < 2:236232/81‑1 (MQ=255) ggATGGCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTg < 2:236233/81‑1 (MQ=255) gCTTACCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTGAATCg < 2:236234/81‑1 (MQ=255) aCCGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTGAATCGcc < 1:236235/79‑1 (MQ=255) cGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTGAATCGCCAATc > 1:236269/1‑81 (MQ=255) cGATGC‑GGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTGAATCGCCAATc > 1:236258/1‑81 (MQ=255) | CGGTGAAAGCGAACTCGGTTGTTTATTCAATTTTTTACTCTGTCCCATGTAAACGCAACGGATGGCTTACCGATGCGGGGTTTGTGGTTAACCACCTTGGTGACTCTTAATGAGGGCGGTAATTCTACGGCAAACCGCTTGAATCGCCAATC > NC_000913/1185547‑1185698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |