| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,082 | Δ1 bp | coding (1251/2526 nt) | ecpC ← | putative fimbrial usher protein EcpC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,080 | 0 | C | . | 97.6% | 164.8 / ‑3.1 | 41 | coding (1253/2526 nt) | ecpC | putative fimbrial usher protein EcpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (18/22); minor base A (0/1); total (18/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGG > NC_000913/308003‑308152 | aTGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcaccac > 1:71218/1‑79 (MQ=255)aTGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcaccac > 1:71198/1‑79 (MQ=255) gAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcaccaccg > 1:71207/1‑77 (MQ=255) gCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGcc < 2:71161/81‑1 (MQ=255) cTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCt < 2:71162/81‑1 (MQ=255) tGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCt > 1:71220/1‑80 (MQ=255) tCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGAt > 1:71225/1‑81 (MQ=255) aCTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGAtt < 2:71163/80‑1 (MQ=255) aCTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTa > 1:71219/1‑81 (MQ=255) cTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTAt < 1:71164/81‑1 (MQ=255) gCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCg < 2:71165/80‑1 (MQ=255) cAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTAt > 1:71229/1‑81 (MQ=255) cAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTAt > 1:71223/1‑81 (MQ=255) gCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATcc < 2:71166/81‑1 (MQ=255) tatTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCata < 1:71168/81‑1 (MQ=255) tatTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCata < 1:71167/81‑1 (MQ=255) cAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGt < 2:71169/80‑1 (MQ=255) gTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAg > 1:71221/1‑81 (MQ=255) ttGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGc < 2:71170/81‑1 (MQ=255) ttGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGc > 2:71241/1‑81 (MQ=255) gATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCt < 2:71171/80‑1 (MQ=255) aTCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTaa < 2:71172/81‑1 (MQ=255) gcacccccAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTT‑AACCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGc < 1:71173/77‑1 (MQ=255) gCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCg < 2:71174/81‑1 (MQ=255) cccccAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTAc > 2:71239/1‑81 (MQ=255) cccAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACt > 1:71235/1‑80 (MQ=255) ccAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTc > 1:71232/1‑80 (MQ=255) ccAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCa < 2:71175/81‑1 (MQ=255) aaGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAAt > 2:71244/1‑81 (MQ=255) ggCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGc > 2:71208/1‑81 (MQ=255) ggCAGCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGc < 1:71176/81‑1 (MQ=255) gCGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGa < 2:71177/81‑1 (MQ=255) cGTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAg < 2:71178/81‑1 (MQ=255) gtgaGACGGGTTTCA‑CCACCGACTGAGTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAgg > 2:71233/4‑81 (MQ=255) gTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAgg > 1:71237/1‑81 (MQ=255) gTCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAgg < 1:71179/81‑1 (MQ=255) tCAGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGt < 1:71180/81‑1 (MQ=255) aGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTc < 1:71183/80‑1 (MQ=255) aGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCg < 1:71182/81‑1 (MQ=255) aGACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCg < 2:71181/81‑1 (MQ=255) gACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTc > 2:71228/1‑79 (MQ=255) gACGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTc > 2:71231/1‑79 (MQ=255) cGGGTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAgg > 1:71271/1‑81 (MQ=255) gggTTTCA‑CCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAgg > 1:71236/1‑80 (MQ=255) | ATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCGAGG > NC_000913/308003‑308152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |