Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,960,055	Δ1 bp	pseudogene (406/449 nt)	yifN ←	putative toxin YifN

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,960,053	0	C	.	100.0%	143.8 / NA	35	pseudogene (408/449 nt)	yifN	putative toxin YifN
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (20/15);  total (20/15)

GGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT  >  NC_000913/3959974‑3960129                                                                                |                                                                             gggCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc                                                                             >  2:790789/1‑81 (MQ=255) gggCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcc                                                                             >  1:790772/1‑81 (MQ=255)  ggCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcct                                                                            <  1:790738/81‑2 (MQ=255)   gCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGcctc                                                                           <  1:790739/81‑3 (MQ=255)       cAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGt                                                                       <  1:790741/80‑1 (MQ=255)        aaaGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTAt                                                                     <  1:790742/81‑1 (MQ=255)          aGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGt                                                                   >  2:790779/1‑81 (MQ=255)              aTTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTg                                                                >  1:790774/1‑80 (MQ=255)                tATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaa                                                             >  1:790784/1‑81 (MQ=255)                 aTCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaac                                                            >  2:790798/1‑81 (MQ=255)                  tCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaac                                                            <  2:790743/80‑1 (MQ=255)                     gggATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGcaaccaac                                                        <  1:790744/81‑1 (MQ=255)                       gATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACt                                                       >  2:790795/1‑80 (MQ=255)                           gTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAtgt                                                  >  1:790786/1‑81 (MQ=255)                            ttattttattGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCAtgtg                                                 >  1:790796/1‑81 (MQ=255)                             tattttattGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTgg                                                >  1:790790/1‑81 (MQ=255)                               ttttattGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCa                                              <  1:790745/81‑1 (MQ=255)                                     tGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACAtt                                        >  2:790787/1‑81 (MQ=255)                                      gTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACAtt                                        >  1:790775/1‑80 (MQ=255)                                             tATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAg                                 <  2:790746/80‑1 (MQ=255)                                               tGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGAt                               <  2:790747/80‑1 (MQ=255)                                                  gCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc                           >  1:790801/1‑81 (MQ=255)                                                  gCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc                           >  1:790793/1‑81 (MQ=255)                                                  gCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc                           >  2:790788/1‑81 (MQ=255)                                                   cGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCct                          <  2:790748/81‑1 (MQ=255)                                                   cGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCct                          <  1:790749/81‑1 (MQ=255)                                                    gATATGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCctc                         >  1:790781/1‑81 (MQ=255)                                                     atatGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCctct                        <  2:790750/81‑1 (MQ=255)                                                      tatGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTg                       <  2:790751/81‑1 (MQ=255)                                                      tatGGCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTg                       >  1:790799/1‑81 (MQ=255)                                                          gCATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTaa                    <  1:790752/80‑1 (MQ=255)                                                           cATTGATTGACTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGt                  <  1:790753/81‑1 (MQ=255)                                                                  tgaCTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGct           >  1:790782/1‑81 (MQ=255)                                                                   gaCTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGctc          >  2:790792/1‑81 (MQ=255)                                                                     cTTGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGctcag        <  2:790754/81‑3 (MQ=255)                                                                      ttGATGACCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGt       >  2:790794/1‑81 (MQ=255)                                                                        gatgaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGt       <  1:790755/79‑1 (MQ=255)                                                                           gaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGTTACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAt  >  1:790800/1‑81 (MQ=255)                                                                           gaCCG‑CCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAt  >  2:790791/1‑81 (MQ=255)                                                                                |                                                                             GGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAAT  >  NC_000913/3959974‑3960129

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑