Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,591,535	Δ1 bp	intergenic (‑256/‑122)	btsT ← / → tsr	pyruvate:H(+) symporter/methyl‑accepting chemotaxis protein Tsr

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,591,533	0	A	.	100.0%	76.9 / NA	19	intergenic (‑254/‑124)	btsT/tsr	pyruvate:H(+) symporter/methyl‑accepting chemotaxis protein Tsr
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base . (9/10);  total (9/10)

GAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGTAAATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCAT  >  NC_000913/4591457‑4591600                                                                             |                                                                    gAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGTaataa                                                                 >  2:953202/1‑78 (MQ=255) gAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGTaata                                                                  <  1:953186/80‑3 (MQ=255)         aaGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCtttt                                                        <  1:953187/81‑1 (MQ=255)            gCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTaa                                                     <  1:953188/81‑1 (MQ=255)            gCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTa                                                      >  2:953212/1‑80 (MQ=255)                     aaGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCagag                                             <  2:953189/80‑1 (MQ=255)                     aaGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAgt                                            >  2:953201/1‑81 (MQ=255)                      aGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAgtg                                           >  1:953216/1‑81 (MQ=255)                      aGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAgtg                                           <  2:953190/81‑1 (MQ=255)                            gATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATa                                     <  2:953191/81‑1 (MQ=255)                              tAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATaaa                                   <  1:953192/81‑1 (MQ=255)                                aaTATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAAt                                 <  1:953193/81‑1 (MQ=255)                                     gtgATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACt                            >  2:953209/1‑81 (MQ=255)                                       gATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCg                          >  2:953217/1‑81 (MQ=255)                                            atatCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGt                      <  1:953194/80‑1 (MQ=255)                                              atCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAAt                   >  2:953215/1‑81 (MQ=255)                                                    tatTTATATTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCcgc             <  2:953195/81‑1 (MQ=255)                                                        tataTTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCggg          <  1:953196/80‑1 (MQ=255)                                                        tataTTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGa         >  1:953207/1‑81 (MQ=255)                                                         atatTGTGAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGa         >  1:953211/1‑80 (MQ=255)                                                                gAATAATTTATGT‑AATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCAt  >  2:953214/1‑80 (MQ=255)                                                                             |                                                                    GAGCGGCAAAGGCGTCGTTTAAGTGACGATAAATATGTGATTCATATCACATATTTATATTGTGAATAATTTATGTAAATAATGGCTTTTTAAATTCAGAGTGTGAATAAAATTCACTCGGCGTAATCTCCGCGGGATATTCAT  >  NC_000913/4591457‑4591600

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑