Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	77,704	C→T	A28A (GCC→GCT)	setA →	sugar exporter SetA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	77,704	0	C	T	100.0%	125.0 / NA	35	A28A (GCC→GCT)	setA	sugar exporter SetA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (22/13);  total (22/13)

CTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCCGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCTTTCTGGATC  >  NC_000913/77626‑77773                                                                               |                                                                      cTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTgg                                                                     >  2:19062/1‑81 (MQ=255)    gATAATGACGATGGCTCGCTGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTAATGTTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGgc                                                                  >  2:19072/1‑81 (MQ=255)        aTGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCt                                                               <  1:19015/80‑1 (MQ=255)            cGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAgg                                                          >  1:19051/1‑81 (MQ=255)                 gCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCt                                                     <  2:19016/81‑1 (MQ=255)                    cGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACa                                                  >  1:19068/1‑81 (MQ=255)                     gCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACAt                                                 <  1:19017/81‑1 (MQ=255)                     gCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACAt                                                 >  2:19046/1‑81 (MQ=255)                       cGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACAtt                                                >  2:19073/1‑80 (MQ=255)                        gTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACAtt                                                >  1:19075/1‑79 (MQ=255)                            gAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCt                                           >  1:19056/1‑80 (MQ=255)                             aaCGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCtt                                          <  1:19019/80‑1 (MQ=255)                             aaCGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCtt                                          <  1:19018/80‑1 (MQ=255)                                  tgtTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCt                                    >  2:19063/1‑81 (MQ=255)                                   gtTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCt                                    >  1:19059/1‑80 (MQ=255)                                      tACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGt                                >  1:19058/1‑81 (MQ=255)                                       aCGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTc                               >  1:19053/1‑81 (MQ=255)                                         gcgGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGt                             >  2:19054/1‑81 (MQ=255)                                         gcgGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGt                             <  1:19020/81‑1 (MQ=255)                                          cgGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTg                            <  1:19021/81‑1 (MQ=255)                                            gCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAg                          >  1:19074/1‑81 (MQ=255)                                              aTTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGt                        >  2:19060/1‑81 (MQ=255)                                               tttATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGtt                       <  2:19022/81‑1 (MQ=255)                                                 tATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTgg                     >  2:19084/1‑81 (MQ=255)                                                 tATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTg                      <  2:19023/80‑1 (MQ=255)                                                 tATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTg                      <  1:19024/80‑1 (MQ=255)                                                  aTGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGgc                    >  2:19061/1‑81 (MQ=255)                                                  aTGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGgc                    >  1:19057/1‑81 (MQ=255)                                                    gCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGgcgc                  >  1:19066/1‑81 (MQ=255)                                                        gTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCa               <  1:19025/80‑1 (MQ=255)                                                             ttttATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCttt         >  2:19055/1‑81 (MQ=255)                                                               ttATGATGGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCttt         <  2:19026/79‑1 (MQ=255)                                                                 atgatgGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCTTTCTg      >  2:19064/1‑80 (MQ=255)                                                                    atgGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCTTTCTGGATc  <  1:19027/81‑1 (MQ=255)                                                                    atgGGGGTGGCTGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCTTTCTGGATc  >  2:19083/1‑81 (MQ=255)                                                                               |                                                                      CTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATGGGGGTGGCCGGGGCGCTACAGGCTCCTACATTGAGCTTATTTCTGAGTCGTGAGGTTGGCGCGCAACCTTTCTGGATC  >  NC_000913/77626‑77773

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑