| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,276,549 | T→A | D357V (GAT→GTT) | narX ← | sensory histidine kinase NarX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,276,549 | 0 | T | A | 97.1% | 119.2 / ‑3.7 | 35 | D357V (GAT→GTT) | narX | sensory histidine kinase NarX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (17/17); total (18/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
TGCTGACGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGATCATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTCAGCCAGCCGCCA > NC_000913/1276471‑1276625 | ttcTGACGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACa > 2:249447/3‑81 (MQ=255) cTGACGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATg < 2:249412/81‑1 (MQ=255) tGACGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATgg > 2:249457/1‑81 (MQ=255) aCGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATgg < 2:249413/79‑1 (MQ=255) cGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTa < 2:249414/81‑1 (MQ=255) cTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGAt < 1:249415/80‑1 (MQ=255) aTGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGa < 1:249417/79‑1 (MQ=255) aTGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGAc < 2:249416/80‑1 (MQ=255) aTGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACg > 2:249460/1‑81 (MQ=255) cGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGcccc < 2:249418/81‑1 (MQ=255) gATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCt < 2:249419/81‑1 (MQ=255) gccagcgTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAgg > 1:249448/1‑81 (MQ=255) gccagcgTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAgg > 2:249469/1‑81 (MQ=255) cagcgTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGt > 2:249442/1‑81 (MQ=255) cgTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGc > 2:249467/1‑81 (MQ=255) gTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGc > 2:249458/1‑80 (MQ=255) gTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGc > 2:249438/1‑80 (MQ=255) cGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCa < 2:249420/81‑1 (MQ=255) cGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACCCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGc > 1:249470/1‑80 (MQ=255) ggTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCa > 2:249452/1‑80 (MQ=255) gTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCaa > 2:249451/1‑80 (MQ=255) tGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCaaaa < 2:249421/81‑1 (MQ=255) tCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTAc > 2:249456/1‑81 (MQ=255) aaCCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTg < 2:249422/81‑1 (MQ=255) ccAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCg < 2:249424/81‑1 (MQ=255) ccAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCg < 2:249423/81‑1 (MQ=255) ccAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCg > 1:249455/1‑81 (MQ=255) cAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGt < 2:249425/81‑1 (MQ=255) tCCACCAGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGagag > 2:249475/1‑81 (MQ=255) caccaGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGt < 2:249426/80‑1 (MQ=255) accaGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTca < 1:249427/81‑1 (MQ=255) accaGTTGTTGTTGAACATGGCTAAGATGACGCCCATGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTca < 1:249428/81‑1 (MQ=255) ttgttgATCATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTCAGCCAgccg > 1:249464/1‑81 (MQ=255) tgttgAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTCAGCCAgccgc > 1:249454/1‑81 (MQ=255) ttgAACATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTCAGCCAGCCGCCa > 2:249463/1‑81 (MQ=255) | TGCTGACGTTCCTGATGGCGATCCAGCGCCAGCGTGGCGGTGAGTTGTTCAACCAGGGTATCCACCAGTTGTTGTTGATCATGGCTAAGATGACGCCCCTGCGGCAGGGTCGCCAGCAAAATACCGTACTGCGTATGAGAGTCAGCCAGCCGCCA > NC_000913/1276471‑1276625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |